肾结石做微创手术，新农合是可以报销的，如果选择当地正规的三甲医疗机构进行报销，可以报销60%以上。
费用在15000到60000元之间的报销比例为55%。
农合二次报销比例各地略有不同。通常情况下，新农合患者在镇级医院住院治疗起付线为100元/人次，报销比例是合规费用的100%；市内县级定点二级医院住院治疗起付线600元/人次，报销比例为80%。
法律分析：在一个结算年度内，发生符合报销范围的10万元以下的医疗费，三级医院起付标准为659元，报销比例为50%上限为2000元；二级医院住院起付标准为300元，报销比例为55%；一级医院不设起付标准，报销比例为60%。1. 一级医院，起付标准以上至最高支付限额的部分按90%支付. 二级医院，起付标准至10000元(含)的部分按85%支付、10000元以上至最高支付限额的部分按90%支付. 三级医院，起付标准至5000元(含)的部分按80%支付、5000元至10000元的部分按85%支付、10000元以上至最高支付限额的部分按90%。4. 退休人员在上述支付比例的基础上再提高5%。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：(一)应当从工伤保险基金中支付的二)应当由第三人负担的三)应当由公共卫生负担的四)在境外就医的。医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
肾结石手术费的报销标准，具体如下：
1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元；
2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元；
3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；
4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；
5、中药发票附上处方每贴限额1元；
6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
《中华人民共和国社会保险法全文》第二十条
国家建立和完善新型农村社会养老保险制度。新型农村社会养老保险实行个人缴费、集体补助和政府补贴相结合。
第二十一条
新型农村社会养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金组成。参加新型农村社会养老保险的农村居民，符合国家规定条件的，按月领取新型农村社会养老保险待遇。
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