反式作用因子(trans-acting factor)则是指通过直接结合或间接作用于DNA、RNA等核酸分子，对基因表达发挥不同调节作用(激活或抑制)的各类蛋白质,其ᴀ身对基因表达没有调控作用，只是阻断来自上、下游的调控效应。
反式作用因子主要指能结合在基因序列上的特异性蛋白质──转录因子，然而随着表观遗传学的发展，研究发现除了蛋白，某些DNA,RNA片断也具有类似的调控功能，因此现在把它们算作反式作用因子。
扩展资料
真核生物的转录调控是调控的最重要的途经，大多是通过顺式作用元件和反式作用因子复杂的相互作用而实现的。
顺式作用元件（cis-actingelement）存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列，它们的作用是参与基因表达的调控，本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。
参考资料来源：百度百科-反式作用因子
顺式作用元件指的是在同一条核苷酸链上起调控基因作用的核酸序列，常不编码蛋白质合成。
反式作用因子则对不同核酸链上的基因表达起到调控作用的蛋白，编码该蛋白的基因与其识别结合作用的核酸链不是同一链。多细胞有机体在生长、分化和发育过程中需要整合不同组织的、发育的、环境的信号调节基因表达，转录起始的调节是其中的重要一环。
顺式作用（cisacting）元件同一DNA分子中具有转录调节功能的特异DNA序列，即具有特殊功能的转录因子DNA结合位点和其他调控基序（motif）。
增强子增强子的特点：
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。
（2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同的。
（3）增强子要有启动子才能发挥作用，没有启动子存在，增强子不能表现其活性。但增强子对启动子没有严格的专一性，同一增强子可以影响不同类型启动子的转录。
以上内容参考：百度百科-顺式作用元件
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