合理施肥的生理指标有：高产指标、优质指标、高效指标、生态指标、改土指标。
一、高产指标
就是通过科学合理施肥措施能够使农作物单产在原先有水平的基础上有所提升，因此“高产”指标只有相对意义，而不是以产量为指标。
二、优质指标
就是通过科学合理施肥促使能够使营养成分保持平衡供应，不但能够使农作物单产水平有所增加，并且在产品质量方面也得到很好的改善。在市场经济条件下，优质指标显得非常重要。
三、高效指标
就是通过科学合理施肥，不但能够使产量提高上去而且可以使品质得到改善，而且因为投肥合理，养分配比平衡，进而提升了产投比，施肥效益显著增加。“高效”主要是以投肥合理、增加产量以及改善品质为基础的。当前部分农民企图以降低对化肥投入，减少成本来来提升肥料的经济效益，这种想法是错误的。
四、生态指标
就是通过科学合理施肥，特别是定量化用肥，掌控对氮肥用量，致使土壤以及水源不受到污染，进而可以保护环境，提高环境质量。所以，生态指标有着较为深远影响以及深刻的含义。
五、改土指标
就是通过有机肥配合化肥的施用，在逐年增加农作物单产的同时，致使农田的土壤肥力有所提升，进而达到改土目标，这是打造高产稳产农田的重要内容。农田土壤通常改良、培肥，不但能够增加了土壤中有效营养成分的含量，而且土壤物理性状，比如通气性、透水性、保肥性、耕性及容重等也得到大大的改善，进而增强了土壤的缓冲性以及抗逆性。
植物的生理生化指标有：
1、可溶性糖和可溶性蛋白的含量。
2、SOD（超氧物歧化酶）活力。
3、POD（过氧化物酶）活性。
4、MDA（丙二醛）含量。
5、叶绿素含量。
植物是生命的主要形态之一，包含了如树木、灌木、藤类、青草、蕨类、及绿藻、地衣等熟悉的生物。种子植物、苔藓植物、蕨类植物和拟蕨类等植物中，据估计现存大约有 350 000个物种。绿色植物大部分的能源是经由光合作用从太阳光中得到的，温度、湿度、光线是植物生存的基本需求。种子植物共有六大器官:根、茎、叶、花、果实、种子。绿色植物具有光合作用的能力--借助光能及叶绿素，利用水、无机盐和二氧化碳进行光合作用，释放氧气，产生葡萄糖等有机物，供植物体利用。
植物抗盐性指标是研究植物抗盐机理和抗盐能力的基础。抗病害:激素及抗病因子的变化规律和相应机理
植物耐热性，耐旱性，耐寒性，抗臭氧危害，耐酸雨
对生长调节剂的适应性以及对微量元素的需求都可以作为植物的生理指标
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