CT由于X线球管和探测器是环绕人体某一部位旋转，所以只能做人体横断面的扫描成像，而MRI可做横断、矢状、冠状和任意切面的成像。
核磁共振(MRl)与CT都属于技术含量非常高的影像学检查手段，两者相比，核磁共振主要具有以下优点。
核磁共振能敏感地检查出组织成分中水含量的变化，能显示功能和新陈代谢过程等生理生化信息的变化，它使机体组织从单纯的解剖显像发展为解剖学与组织生化和物理学特性变化相结合的“化学性图像”，为一些早期病变提供了诊断依据，常常比CT能更有效和更早地发现病变。它能非常清晰地显示脑和脊髓的灰质和白质，故在神经系统疾病的诊断方面优于CT，对颅脑、脊柱和脊髓疾病的显示优于CT，这是CT所无法比拟的；
核磁共振可根据需要直接显示人体任意角度的切面像，可以直接作出横断面、矢状面、冠状面和各种斜面的体层图像；而CT只能显示与身体长轴相垂直的横断层像；
核磁共振有高于CT数倍的软组织分辨能力，图像中对于软组织的对比度可以提高1—3个等级度，大功率的核磁共振机器拍摄的照片非常清晰，甚至可以看到组织内的细小血管；
核磁共振在仪器结构上不需要像CT那样有较大的机械口转动部件和一系列高精度的探测器，只要通过电子方法调节磁场梯度即可实现扫描；
核磁共振不会像CT那样产生对人体有损伤的电离辐射，对机体没有不良影响，甚至孕妇接受核磁共振检查时对胎儿也无任何不良影响；
核磁共振有3个特性参数，而CT只有X射线束穿过生物组织的衰减一个物理参数，故核磁共振漏诊率比CT低；
核磁共振不用造影剂就可得到很好的软组织对比度，能显示血管的结构，故对血管、肿块、淋巴结和血管结构之间的相互鉴别有其独到之处，而且还避免了造影剂可能引起的过敏反应；
核磁共振不会产生CT检测中的骨性伪影，能使脊柱中的脊髓及神经根显像清晰，还有可能检查出由于缺血引起的组织损伤等等。
核磁共振几乎适用于全身各系统的不同疾病，如肿瘤、炎症、创伤、退行性病变以及各种先天性疾病的检查，在脊柱外科更有其广泛的适应证，应用范围大大超过CT检查，诊断价值明显优于CT。
核磁共振也存在不足之处，与CT相比主要其不足之处包括：成像时间较长，当前，全身成像15个断层面需要13分钟；空间分辨率低，仅为2毫米，活动使分辨率更低，故诊断心脏等活动性器官效果较差；显示骨组织的能力比CT要差，在观察颈椎骨刺、韧带钙化及椎管狭窄等骨组织的退变情况时，不如CT清楚，但在显示这些骨组织退变后的改变对脊髓神经根的压迫方面优于CT；由于铁金属的磁场反应，使带有心脏起搏器的患者或体内有某些金属的部位不能作核磁共振的检查，如脊柱及其他部位内固定术后、人工关节术后、外科．手术使用缝合器以后、带有金属避孕环的妇女以及安装有假牙等，以及其他体内存有金属异物等情况者。不过，由于钛金属没有磁场反应，目前在骨科内固定手术中正在逐步推广的钛金属内固定物可以接受核磁共振检查；安装核磁共振须有特殊房间，必须防磁、防电干扰，对室内的温度、湿度和冷却系统也有特殊要求，要求温度在20—25℃，上下相差不能超过1℃等；价格昂贵，现在一台应用抗磁系统的核磁共振机，价值近100万美元，而一台超导磁系统的核磁共振机高达200万美元左右；检查费用昂贵，远远高于CT检查的费用，一个部位的核磁共振检查费在800—1300元，而CT仅180—600元；运转维护费用高，一年约耗电40万度，仅电费一项即需几万元人民币，还需要液氦、液氮、重水和其他材料等。
综上所述，尽管核磁共振检查有不少优点，但也存在着程度不同的局限性。因此，不应对核磁共振检查过分地依赖和迷信，应根据核磁共振的检查特点、临床要求及病人的不同情况合理选用，对每一幅核磁共振的图像，都应仔细地联系解剖病理和临床，作客观全面的分析。
对于X线、CT、B超、核磁共振(MRI)这些常用的影像学检查，根本就傻傻分不清楚......今天，我们就把身体比作食物，通俗易懂的告诉你，这些检查是如何发挥不同作用的！
X光像把面包压扁了看
X光会穿过人体，遇到被遮挡的部位，底片上不会曝光，洗片后这个部位就是白色的。
就像一片面包或一块棉花，看不到里面的纤维纹理，但用手压瘪了会清晰一些。X光最大缺点是受制于深浅组织的影像相互重叠和隐藏，有时需要多次多角度拍摄X光片。
CT像把面包切开看CT的检查原理是X光会分层穿过人体，之后通过电脑计算后二次成像。
就像把一片面包切成片来看。优点是可以分层看，经计算后可以显示出更多的组织信息。B超的原理是用超声波穿透人体，当声波遇到人体组织时会产生反射波，通过计算反射波成像。就像挑西瓜一样，边敲边看显示病灶情况。
核磁共振机使用较强大的磁场，使人体中所有水分子磁场的磁力线方向一致，这时磁共振机的磁场突然消失，身体中水分子的磁力线方向，突然恢复到原来随意排列的状态。反复多次施加磁场又突然消失，核磁共振机会得到充分的数据并运算后成像。简单说就相当于用手摇一摇，让水分子振动起来，再平静下来，感受一下里面的振动。所以，核磁共振(MRI)也被戏说为是摇摇看的检查。就诊时，医生常会开各种各样的影像学检查单：超声、CT、核磁……不少患者会质疑医生故意开高价检查单。其实，医生是依据不同病情选不同影像检查的。
各种外伤，如果怀疑伤到了骨头，优先选择X光照片，检查结果快速易得。若要进一步观察，可以选择CT。超声、核磁对于骨皮髓质等看不大清，一般不选择。
颈椎病、腰椎间盘突出等椎间盘疾病需要观察椎间盘与相应的神经根，要想更好观察这些软组织，最优选择就是核磁。同样，对于关节、肌肉、脂肪组织检查，核磁也是首选。
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