大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
根据瘘口和瘘道的位置、深浅、高低以及数目，其分类有：
（1）瘘和内瘘 外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，多数距肛门2～3厘米，称为外口，另一个在肠腔内，多数在齿线处肛窦内，称为内口，少数内口在中齿线上方，直肠壁上。内瘘的内口与外瘘相同，并无伤口，临床所见90%为外瘘。
（2）低位瘘和高位瘘 瘘道位于肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。后者对治疗方法的选择有关。
（3）单纯性肛瘘和复杂性肛瘘 前者只有一个瘘管，后者可有多个瘘口和瘘管。
从临床治疗角度以肛瘘和括约肌的关系较重要，可分为：①括约肌间型——最常见一种，内口位于齿线，瘘管在内外括约肌间行走，外口在肛门周围皮肤；②经括约肌型——瘘管经外括约肌及坐骨肛管间隙而在肛周围皮肤上穿出；③括约肌上型——不常见。瘘管同上穿破肛提肌而在肛门周围远处皮肤上穿出；④括约肌外型——少见，内口在齿线上直肠壁，外口在肛周远处皮肤上，瘘管在内外括约肌外，经肛提肌而下。
肛瘘的类型肛瘘的临床特征
对于肛瘘的特征，流脓是主要症状，脓液多少与瘘管长短，多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。较大较高位的肛瘘，常有粪便或气体从外口排出。检查时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起，挤压有少量脓液排出，多为单一外口，在肛门附近。也有多个外口，外口之间皮下瘘管相通，皮肤发硬并萎缩。也有多个外口位于两侧，瘘管成“马蹄形”，直肠指诊在病变区可触及硬结或条索状物，有触痛，随索状物向上探索，有时可扪及内口。若外口不整齐，不隆起，有潜行边缘，肉芽灰白色或有干酪样稀薄分泌物，应怀疑为结核性肛瘘。
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