根据发病部位的不同可分为原发性甲减、继发性甲减和周围性甲减等三种。
原发性甲减是甲状腺腺体本身发生病变，导致甲状腺激素合成、储存和分泌障碍而引起的甲减，它占所有甲减的90%以上，包括慢性淋巴细胞性甲状腺炎引起的甲减、医源性甲减（抗甲状腺药物治疗、放射性碘治疗、甲状腺手术）、各种甲状腺炎引起的甲减、地方性碘缺乏引起的甲减、先天性酶合成障碍性甲减、先天性无甲状腺或甲状腺发育不良致甲减。
但是甲状腺素水平低就一定是甲减吗？
甲状腺激素是由甲状腺分泌的、具有调节机体代谢作用的激素。甲状腺激素异常最常见于各种原因所致的甲状腺疾病。但需要注意的是，一些非甲状腺疾病也会影响甲状腺激素水平， 使患者甲状腺功能检查呈现类似「甲减」的表现，如 T3 （或 T3 、 T4 ）降低，常常被临床误诊为 「甲减」，但此类病人并非真正的「甲减」，补充甲状腺素之后非但不能使病情缓解，相反，往往会导致原发病的病情加重
何为「低 T3 综合征」呢？
「低T3综合征（low T3 syndrome）」是指甲状腺疾病以外的其他原因引起的T3水平降低，亦称「正常甲状腺性病态综合征（euthyroid sick syndrome, ESS）」。主要表现：血清TT3、FT3水平减低，血清rT3增高，血清T4、FT4及TSH水平正常，临床谓之「低T3综合征」。当病情危重时，T4也随之降低，临床谓之「低T3-T4综合征」。
严重的全身性疾病（如恶性肿瘤、重度营养不良、慢性心衰、肾衰、肝硬化等）、外伤手术、心理应激以及某些药物（如糖皮质激素、多巴胺、心得安等）等因素均可导致体内甲状腺激素水平的改变，这是机体内分泌系统的一种适应性变化。机体处于上述状态时，血清5′-脱碘酶的活性被抑制， 在外周组织中 T4 向 T3 转化减少， T3 生成率下降 ；而5-脱碘酶被激活， T4 向反 T3 （ rT3 ）的转化加速，使 rT3 生成增加 。在甲状腺激素当中，以T3的生物活性最强，它在机体代谢过程中发挥着极其重要的作用，该过程消耗氧；而rT3是T3的异构体，它几乎没有任何生理活性。rT3增加，T3减少，可以降低机体组织（如肝脏、肾脏、心脏、骨骼肌等）的代谢水平，减少氧和能量的消耗。一般认为，「低T3综合征」是 机体处于疾病危重状态时的一种自我保护反应。
甲状腺激素水平的降低与原发病的严重程度和病期有关，而与疾病的种类无关。 当病情危重时，在 T3 显著降低同时， T4 也会下降，这类患者预后最差。反之，随着原发病的缓解，甲状腺激素水平可随之回升至正常水平，除非患者存在原发性甲状腺疾病。 「低T3综合征」患者尽管有类似「甲减」化验指标异常，但一般无明显「甲减」症状，而主要是原发病的临床表现。此外，「低T3综合征」亦常见于老年人，这些人可无急性重症并发症，其原因未明，也无需治疗。
鉴别诊断
低 T3 综合征与甲减如何鉴别？
低T3综合征（或低T3-T4综合征）与甲减的鉴别非常重要。倘若患者在甲减的基础上同时合并心衰、肝肾功能不全、急性肾上腺皮质功能减退、糖尿病酮症酸中毒等严重疾病，若不及时治疗甲减将造成严重后果。另一方面，将「低T3综合征」误诊为甲减而给予甲状腺激素（TH）治疗又会导致疾病的恶化甚至死亡。
1. 低 T3 综合征与原发性甲减的鉴别
低T3综合征与原发性甲减的鉴别比较简单：低T3综合征患者主要是T3降低， rT3 升高 ，T4多正常（注：危重病人T4也可以降低）， TSH 正常或略低 ；而原发性甲减患者尽管也有T3、T4降低， 但 rT3 正常 ， TSH 往往显著升高 ，可资鉴别。
2. 低 T3 综合征与继发性甲减的鉴别
继发性甲减系由垂体病变引起，此类患者往往有多种垂体内分泌细胞受损， 故除了 TSH 降低之外，还有血皮质醇及促性腺激素分泌减少， PRL 分泌增多 ，MRI检查可有垂体肿瘤、坏死、空泡蝶鞍综合症等异常发现；而低T3综合症患者血 皮质醇水平正常或升高，而促性腺激素和 PRL 正常，更重要的是患者反 T3 （ rT3 ）显著升高， 此外，还有原发疾病的症状，脑垂体MRI检查正常，这些均有助于两者的鉴别。
低T3综合征是正常甲状腺病态综合征（ESS）的一种，指在严重的非甲状腺疾病如严重创伤、烧伤、免疫缺陷、手术、慢性消耗性疾病状态下，引起甲状腺功能检查异常，表现为T3降低，T3正常或降低，TSH、FT4正常或稍高，但临床上无甲状腺功能减退表现，可能是机体对急性应激情况、慢性重症疾病的一种适应性反应。非甲状腺疾病的严重程度一般与T3降低的幅度相关，当原发疾病得到控制、改善后，不经服用甲状腺激素，甲状腺功能可逐渐恢复正常。
低T3综合征产生的主要机制是：①重症患者，血浆白蛋白降低，甲状腺结合球蛋白生成减少；②甲状腺激素外周代谢障碍：5′-脱碘酶的活性被抑制，在外周组织中T4向T3转化减少；T4内环脱碘酶被激活，T4向rT3转化增加，故血清T3减低，而rT3增加；⑧重症应激的情况下，患者体内释放大量的炎症因子、细胞因子，通过多种途径作用于下丘脑-垂体-甲状腺轴，从而影响甲状腺激素的合成、分泌、代谢和反馈，是低T3综合征的主要发病机制之一。血清T3主要参加机体的分解代谢，所以血清T3水平降低，对机体减少能量消耗有非常重要的保护作用。通常认为低T3综合征是危重疾病时出现的一种自我保护调节机制，血清T3下降程度与疾病的严重性相关。
甲状腺功能减退症如何鉴别诊断？甲减诊断并不困难，临床上需要和下列一些情况鉴别。
1.甲状腺功能正常的病态综合征 （normal thyroid sick syndrome）
一些急性或慢性非甲状腺疾病会通过不同的途径来影响甲状腺激素的生成或代谢，临床表现代谢低减和交感神经反应低下，如怕冷，乏力，水肿，食欲不振，便秘等表现，测定血清T3和（或）T4低下，容易误诊为甲减，单纯T3低下称为低T3综合征，严重者还可以表现T4低下，称为低T4综合征。
当机体严重消瘦，长期饥饿，慢性疾病和严重感染，心肌梗死等疾病，体内5脱碘酶活性下降，而5-脱碘酶活性上升，使体内T4向T3转化减少，向rT3转化增多，甲状腺激素测定发现为T4，T3下降，但TSH不升高，其中T3下降更为明显，当原发疾病治愈后，T4，T3恢复正常，这与一般临床上常见的原发性甲减不同，后者TSH是升高的，急性心肌梗死时，T3在3～4天内下降50%，但TSH不升高，当原发疾病治愈后，T3恢复正常，鉴别低T3综合征或低T4综合征十分重要，因为它们的血清T3，T4下降是一种机体的保护性措施，人为的加服甲状腺激素制剂以提高机体的代谢率，必然会加剧原发疾病的病情。
2.慢性肾炎
甲减病人因水钠潴留表现为皮肤苍白，水肿，贫血，高血压和血胆固醇升高，有些病人还伴有尿蛋白阳性，所以常常被认为是肾病，而得不到正确的诊断和治疗，肾炎慢性肾功能不全的病人，常常会表现甲状腺激素测定异常，主要是血清T3下降，这是机体降低代谢率的保护性反应，肾炎水肿多半是可凹性，甲减水肿多半为非可凹性，甲减和肾炎都有浆膜腔渗液，但甲减的血浆蛋白正常，而肾炎的血浆蛋白是低的，甲减病人除了水肿外常伴有怕冷，食欲低下，皮肤粗糙，心率慢，便秘等代谢低下的表现，而肾炎蛋白尿明显，临床上只要考虑到甲减，实验室检查不难鉴别诊断。
3.贫血
约有25%～30%的甲减患者表现贫血，贫血原因是多种的，甲减病人多见于女性，常伴月经量多，经期长，导致失血过多，同时食欲减低，营养不足和胃酸缺乏更加重了贫血，而贫血在中年妇女又十分常见，不被引起重视，贫血患者常常同时伴有怕冷，食欲不振，乏力等症状，所以不少甲减常被长期误诊为贫血，而得不到准确的诊断和治疗，原发甲减的甲状腺激素是低下的，TSH是升高的，鉴别诊断并不困难，原发甲减贫血中有5%～10%患者因叶酸缺乏表现大细胞贫血，在铁剂治疗效果不好时，应考虑大细胞贫血的可能。
4.浆膜腔积液
甲减发生浆膜腔积液的原因是由于淋巴回流缓慢，毛细血管通透性增加，浆膜腔黏蛋白和黏多糖亲水性，TSH刺激浆膜腔中腺苷酸环化酶活性，从而使透明质酸酶分泌增多，引起腹水，心包积液，胸腔积液和关节腔积液，浆膜腔积液可以单独出现，也可两个或多个出现，甲减发生浆膜腔积液常常被误诊为结核，恶性肿瘤，尿毒症，心包炎和结缔组织病等，甲减的浆膜腔积液中蛋白含量高，细胞计数低，胆固醇含量和免疫球蛋白含量高，对利尿药治疗不敏感，凡遇有不明原因的浆膜腔积液病人，均应测定甲状腺激素，除外甲减的可能性。
5.特发性水肿
甲减病人的成纤维细胞分泌透明质酸和黏多糖，具有亲水性，阻塞淋巴管，引起黏液性水肿，多数表现为非可凹性水肿，病人常常因症状不特异，长期查不出原因，被误诊为特发性水肿，对TSH刺激效应更强，尤其在一些流产和分娩后的妇女，测定甲状腺功能就不难将垂体瘤和甲减相鉴别，有时甲减病人由于手足肿胀，唇厚舌大，声音嘶哑，手足增大，又有蝶鞍增大，会被误诊为垂体生长激素分泌瘤，但甲减病人血清生长激素水平正常，甲减病人怕冷，便秘，心率缓慢等症状是与肢端肥大症不同的，激素测定可以进行鉴别诊断。
6.垂体瘤
长期甲减病人，尤其是儿童患者，垂体可以表现增大，有时会被误诊为垂体瘤；原发甲减长期血T4下降，垂体TSH细胞增生肥大，致蝶鞍增大，一些女性病人由于月经紊乱和泌乳，实验室检查发现催乳素轻度升高，被误诊为垂体催乳素分泌瘤，甲减患者由于TRH升高，TRH刺激催乳素（PRL）效应比对TSH刺激效应更强，尤其在一些流产和分娩后的妇女，测定甲状腺功能就不难将垂体瘤和甲减相鉴别，有时甲减病人由于手足肿胀，唇厚舌大，声音嘶哑，手足增大，又有蝶鞍增大，会被误诊为垂体生长激素分泌瘤，但甲减病人血清生长激素水平正常，甲减病人怕冷，便秘，心率缓慢等症状是与肢端肥大症不同的，激素测定可以进行鉴别诊断。
7.抑郁症
甲减病人发生在老年人中较多，随着年龄的增长，甲减的患病率也随之上升，老年病人症状不特异，病程进展缓慢，不容易被发现，怕冷，迟钝，食欲不振，情绪低落，睡眠不好和抑郁等症状，被诊断为老年性抑郁症，对抑郁症表现的老人要考虑甲减的可能性，甲减患者单纯抗忧郁治疗不能取得满意的疗效。
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