神经损害症状：稍后，嗜神经肉毒毒素导致眼内外肌瘫痪，出现眼部症状，如视力模糊、复视、眼睑下垂、瞳孔散大，对光反射消失；如咽肌瘫痪，则致呼吸困难；由于颈肌无力，头向前倾或倾向一侧；腱反射可呈对称性减弱。
植物神经损害：表现先兴奋后抑制，初为泪腺、汗腺及涎腺等先分泌增多而后减少。血压先正常而后升高。脉搏先慢后快。常有顽固性便泌、腹胀、尿潴留。病程中神志清楚，感觉正常，不发热。轻者5～9日内逐渐恢复，但全身乏力及眼肌瘫痪持续较久。
肉毒毒素经消化道吸收中毒，一般经过12～72小时的潜伏期，开始出现全身中毒症状。
早期症状有恶心、呕吐及腹泻等，继之出现头痛、头昏、眩晕、软弱无力，中毒的重要特征为视力紊乱：复视、斜视、瞳孔散大、视力模糊，同时伴有眼球震颤，这是眼内外肌麻痹的结果。严重病人有吞噬、咀嚼、语言、呼吸等困难，排痰及抬头困难，共济失调等，神志清楚。症状继续发展则出现进行性呼吸困难，全身肌肉松弛性麻痹。继则脉搏加快，血压下降，短时间抽搐，意识丧失，最终因呼吸衰竭、心力衰竭或继发肺炎等而死亡。通过呼吸道吸入中毒，一般症状发展迅速且严重。其他途径中毒的临床症状，因毒剂的剂量不同而异。病人恢复较缓慢，视觉障碍恢复特慢，有时需数月之久。
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