一、性质不同
1、着丝粒：着丝粒是连接一对姐妹染色单体的特化DNA序列。
2、着丝点：着丝粒两侧各有一个蛋白质构成的盘状或球状结构称为着丝点。
二、作用不同
1、着丝粒：着丝粒主要被视为引导染色体行为的基因座；物理功能上，着丝粒为动粒组装提供了位点。
2、着丝点：着丝点(Kinetochore)是细胞分裂的重要细胞器，是细胞纺锤体微管附着的地方。
三、作用过程不同
1、着丝粒：着丝粒（染色体的主缢痕primary constriction）为染色质的结构，将染色体分成二臂，在细胞分裂前期和中期，把两个姐妹染色单体连在一起，到后期两个染色单体的着丝粒分开。
2、着丝点：着丝点与染色体的移动有关，在细胞分裂（包括有丝分裂和减数分裂）的前、中、后期，纺锤体的纺锤丝（或星射线）微管就附着在着丝点上，并牵引染色体移动。
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