医院集思广益，开拓创新，取得了累累硕果。力推微创技术，形成总体特色；在加强现有学科的基础上，创特色补空白。创建血管外科、整形美容外科，填补苏州地区空白；建立手足外科，改写苏州大型综合医院没有手足外科的历史；职业病诊断是江苏省唯一有资质的三级综合性医院；核医学科临床基因扩增实验室是苏州市首家具有合格证书的PCR实验室，同时也是卫生部内镜专业技术培训基地。重点学科国家重点学科：· 放射医学· 内科学（血液病）· 外科学（骨外）中核集团临床重点学科：· 神经内科· 神经外科· 骨科· 放射治疗科· 核医学科· 泌尿外科· 普外科· 麻醉科江苏省医学重点学科：· 放射治疗科苏州市医学重点学科：· 神经内科学· 神经外科学
重点专科中核集团重点专科：· 神经外科专业· 骨科专业· 神经内科专业江苏省临床重点专科：· 神经外科· 神经内科· 普通外科苏州市临床重点专科：· 心血管外科· 麻醉科· 神经内科· 神经外科· 骨科· 医学影像科· 普外科· 急诊医学科· 泌尿外科· 心血管内科· 放射治疗专科· 妇产科· 整形外科· 肿瘤科
苏州二附院只有妇产科，没有妇科，也没有中医科。诊疗科目主要包括：预防保健科、内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、医疗美容科、肿瘤科、急诊医学科、康复医学科、职业病科、中医科、麻醉科、医学影像科、医学检验科、病理科、冠心病介入治疗及起搏器治疗、心理门诊、妇科内镜、血液透析室、健康体检。
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