虽然这些药物是进行抗病毒治疗的，但是药物有时也会干扰人体的某些正常功能。 药物研发的最终目标总是希望能够发明更安全、更有效、人体更易耐受的药物。
大家都知道，“是药三分毒”，大多数艾滋病患者、临床医生都认为：目前的抗艾滋病药物并不完美，关键在于我们怎样对他的副作用进行监测 从而取得最大的治疗效果。
目前爱滋病的治疗尚无满意的方法，治疗药物可包括以下几个方面：一、抗HIV药物叠氮胸苷：是逆转录酶抑制剂，主要作用于HIV复制，本药已经美国食品及药物管理局首先批准用于临床。它可提高CD4细胞数，减缓疾病的进程，延长患者的存活，减少条件性感染，降低死亡率。主要的副作用是骨髓抑制、全血细胞减少而致继发感染加重，此外还能引起药物热、皮疹等。
双脱氧肌苷：是逆转录酶抑制剂，作用与叠氮胸苷相同，其副作用包括周围神经病、胰腺炎及肾脏损害，因此治疗前必须检查有关项目。
双脱氧胞苷：也是一种逆转录酶抑制剂，可使患者血清P24抗原减少，CD4细胞短暂升高，副作用与剂量相关，主要有皮疹、口炎、周围神经病等。
同他天定：是一种新的逆转录酶抑制剂，作用与双脱氧胞苷相似，能增加CD4细胞数。
二、中药治疗
可用紫花地丁、丹参、人参、黄芪、熟地等。
三、免疫调节剂干扰素a：具有抗病毒复制和免疫调节作用，几种干扰素一a干扰素作用最强
白细胞介素
粒细胞-巨嗜细胞集落刺激因子，可使外周血中粒细胞和单核细胞数增加，改善肌体防御能力，减少条件性感染。
鸡尾酒疗法简介：纽约艾伦•戴蒙德艾滋病研究中心主持艾滋病研究工作的何大一发明了治疗艾滋病的著名的“鸡尾酒疗法”，该疗法把蛋白酶抑制剂与多种抗病毒的药物混合使用，从而使艾滋病得到有效的控制。
鸡尾酒疗法的原理是，假使艾滋病人只服用一种治疗药物，艾滋病毒终究会发展出抵抗药效的能力，而如果病人服用两种药物，即使病毒发展出对其中一种药物的抵抗能力，也无法同时兼具对另一种药物的防御能力。
接受这种疗法的病人如果在感染的最初几个月同时服用三种药物，最能有效地抑制病毒的复制扩散。例如接受AZT、3TC和蛋白酶抑制剂3种药物混合疗法，其中AZT、和3TC两种药物能够初步中断病毒的繁衍，而蛋白酶抑制剂能完全阻断病毒的复制扩散。
不过，这种混合多项药物疗法价格非常高昂，每年约需花费两万美元，而新近研究成功的第三种药物蛋白酶抑制则仍供不应求，虽然这种疗法对85%艾滋病人产生显著的疗效，仍有15%的病人情况丝毫没有改善，此外，接受这种疗法的病人，初斯会出现许多药物副作用引发的症状，例如严重腹泻、腹部痉挛和贫血等现象，某些药物必须要在饭后服用，其他的则又应空腹时服用，对于病人能否持之以恒并且正确服药，构成相当大的考验。
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