检察业务部门是指具体履行检察职能的一些部门，与之相区别的是综合部门。具体分为反贪污贿赂局、反渎职侵权局、侦查监督科、公诉科、监所科、控告申诉科、民事行政检察科。
负责全区刑事犯罪案件犯罪嫌疑人的审查批捕、决定逮捕工作，对侦查机关的立案、侦查活动进行监督。2、公诉科
负责全区刑事犯罪案件审查起诉、出庭公诉工作，承办应当由本院抗诉的案件，并对公安机关侦查活动和人民法院的刑事审判活动进行监督。
3、反贪污贿赂局
负责全区贪污贿赂、挪用公款、巨额财产来源不明、隐瞒境外存款、私分国有资产、私分罚没财物等犯罪案件的立案侦查、预审工作；研究分析贪污贿赂等犯罪的特点、规律，提出惩治对策；贯彻执行反贪污贿赂检察业务工作细则、规定。
4、反渎职侵权局
负责全区国家工作人员渎职犯罪和国家机关工作人员利用职权实施非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件的立案侦查、预审工作；研究分析全国渎职侵权犯罪的特点和规律，提出惩治对策；贯彻执行反渎职侵权检察业务工作细则、规定。
5、预防科
研究、分析全区职务犯罪预防工作的特点、规律，提出职务犯罪的预防对策；负责对职务犯罪预防工作的法制宣传；发现和处置预防工作中发现的职务犯罪线索；管理行贿犯罪档案查询系统，受理社会查询；贯彻执行职务犯罪预防工作细则、规定；承办其他预防职务犯罪工作事项。
6、民事行政检察科
负责对本区人民法院已经发生法律效力的、确有错误的民事、行政判决和裁定，按照审判监督程序向福州市人民检察院提请抗诉；研究分析民事审判、行政诉讼监督工作中的重大疑难问题，提出工作对策；贯彻执行民事、行政监督业务工作细则、规定。
7、控告申诉检察科
负责受理公民的报案、举报和控告；对举报线索进行分流，对检察机关管辖的性质不明、难以归口处理的举报案件线索进行初查；综合反映控告和举报情况；受理公民的刑事申诉；受理服刑罪犯及其法定代理人、近亲属的申诉；依法查处检察机关管辖的刑事申诉案件，承办检察机关的刑事赔偿事项；贯彻执行控告、举报、刑事申诉和刑事赔偿工作细则、规定。近年来，控申科以创建“文明接待室”为载体，强化“窗口”建设，完善信访案件办理机制，化解社会矛盾，多次被评为“省级文明接待室”、“全国文明接待室”。
8、监所检察科
负责对省看守所执法活动是否合法实行监督；负责对省看守所内超期羁押、刑罚执行和监督改造过程中发生的虐待被监管人案、私放在押人员案、失职致使在押人员脱逃案、徇私舞弊减刑、假释、暂予监外执行案的侦查工作和其他自侦案件立案前调查工作；贯彻执行上级院监所检察工作细则、规定。近年来，我院通过监所检察加强对超期羁押的监督，保持了省看守所和我院管辖案件的“零超期”；对省看守所的监督检查，确保省看守所的安定稳定，被评为“三级达标驻所检察室”；同时积极开展各项专项监督活动，强化刑罚执行监督。
9、监察科
内设监察科与区纪委驻鼓楼区检察院纪检组合署办公，负责本院的监察工作；检查内设机构在执行法律、法规和上级检察院的决定、规定中的问题；受理对检察人员违纪行为的控告、举报；按照干部管理权限查办检察人员的违纪案件；受理检察人员不服政纪处分的申诉。多年来，我院未发生干警违法违纪事件，群众满意度高。
10、法警大队
负责组织实施司法警察工作条例、规定、办法；负责保护由人民检察院直接受理侦查案件的犯罪现场，负责审讯场所的安全；执行传唤；参与搜查、侦查；执行拘传，协助执行其他强制措施和追捕逃犯；提讯、押解、看管犯罪嫌疑人；维护警务区的秩序和安全，负责重大检务活动的警卫工作，参与处置检察工作范围内的突发事件。
综合科室职能：
1、研究室
负责组织与检察工作有关的法律、法规、政策执行情况的调况的调研工作，负责对检察基础理论研究工作的指导，组织撰写检察调研文稿，负责收集管理图书资料；编辑检察工作应用法律、法规文件和检察工作年签；负责检察委员会日常工作。
2、行政装备科
负责本院的计划财务装备工作，制定发展规划并组织实施；负责检察技术装备、交通通信装备、武器弹药、服装的统筹计划和管理工作；负责机关业务和事业人员经费及基本建设等各种经费的申请、核算和管理及各种装备物资的统一购置、分配和维修工作，负责机关财务管理、固定资产管理、后勤服务管理等工作；负责机关日常值班、安全保卫、环境卫生等工作；负责检察信息化工作。
3、政治处
在院党组直接领导下，开展有检察机关特点的思想政治工作和干部学习教育工作；负责本院机构设置、人员编制和干部任免、调配、奖惩、检察官等级评定、年度考核、工资福利等工作；负责对本院离退休干部的管理及老干部政治、生活待遇的落实；负责本院机关宣传工作，组织新闻报道、总结推广工作经验；负责组织检察干部学历教育和各类岗位职务培训工作。
4、办公室
协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施，组织安排机关重要会议和重大活动；负责文件起草；管理秘书事务；处理机要文电；编发检察信息、工作简报；负责人大代表联络工作和特约检察员的联系工作；负责领导同志批办事项的督查工作；负责人民监督员工作；负责检察统计、档案管理、保密工作。
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