与抗生素的毒性反应临床较多见，如及时停药可缓解和恢复，但亦可造成严重后果。主要有以下几方面：
①神经系统毒性反应；氨基糖甙类损害第八对脑神经，引起耳鸣、眩晕、耳聋；大剂量青霉素G或半合成青霉素或引起神经肌肉阻滞，表现为呼吸抑制甚至呼吸骤停。氯霉素、环丝氨酸引起精神病反应等。
②造血系统毒性反应；氯霉素可引起再障性贫血；氯霉素、氨苄青霉素、链霉素、新生霉素等有时可引起粒细胞缺乏症。庆大霉素、卡那霉素、先锋霉素Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ可引起白细胞减少，头孢菌素类偶致红细胞或白细胞，血小板减少、嗜酸性细胞增加。
③肝、肾毒性反应：妥布霉素偶可致转氨酶升高，多数头孢菌素类大剂量可致转氨酶、碱性磷酸脂酶Ⅰ和Ⅱ、多粘菌素类、氨基甙类及磺胺药可引起肾小管损害。
④胃肠道反应：口服抗生素后可引起胃部不适，如恶心、呕吐、上腹饱胀及食欲减退等。四环素类中尤以金霉素、强力霉素、二甲四环素显著。大环内脂类中以红霉素类最重，麦迪霉素、螺旋霉素较轻。四环素类和利福平偶可致胃溃疡。
⑤长期服用抗生素可导致错杀体内正常的益生菌群，造成肠道失调，从而引起的多种肠道功能异常及不良反应。可选用金双歧（双歧杆菌乳杆菌三联活菌片）补充被抗生素错杀的体内正常益生菌群，避免因服用抗生素造成肠道失调引起的多种肠道功能异常及不良反应。
⑥抗生素可致菌群失调，引起维生素B族和K缺乏；也可引起二重感染，如伪膜性肠炎、急性出血肠炎、念珠菌感染等。林可霉素和氯林可霉素引起的伪膜性肠炎最多见，其次是先锋霉素Ⅳ和Ⅴ。急性出血性肠炎主要由半合成青霉素引起，以氨苄青霉素引起的机会最多。另外，长期口服大剂量新霉素和应用卡那霉素引起肠粘膜退行性变，导致吸收不良综合症，使婴儿腹泻和长期体重不增，应预重视。少数人用抗生素后引起肛门瘙痒及肛周糜烂，停药后症状可消失。
⑦抗生素的过敏反应一般分为过敏性休克、血清病型反应、药热、皮疹、血管神经性水肿和变态反应性心肌损害等。
⑧抗生素后遗效应是指停药后的后遗生物效应，如链毒素引起的永久性耳聋。许多化疗药可引起“三致”作用。利福平的致畸率为4.3%，氯霉素、灰黄霉素和某些抗肿瘤抗生素有致突变和致癌作用等。
5 大环内酯类抗生素增加儿童哮喘和超重风险 大环内酯类抗生素会影响这些儿童的肠道菌群，扰乱儿童免疫系统，使其患哮喘等疾病的风险升高。另外，大环内酯类抗生素的总体使用量越大，儿童的身体质量指数（BMI）就越大，体重超重的风险也就越大。 6 可致营养不良抗生素会影响肠道菌群，导致肠道内益生菌减少，会导致一些肠道疾病，影响营养的吸收，导致营养不良。
7 缺乏维生素K因为维生素K是人体肠道益生菌合成，受抗生素的影响肠道内益生菌减少，所以维生素K也就随之减少。维生素K是凝血因子，其缺乏会导致易出血以及出血不止情况出现。
8 增加儿童1型糖尿病风险抗菌药物在婴幼儿人群中的使用相当普遍，有研究显示抗生素的使用破坏了肠道正常菌群，增加了儿童1型糖尿病的发生风险。肠道菌群失调和菌群多样性的破坏也与T1DM的发生有关。
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