linux常用的批处理

基本语法：

for i in

do；

done

1、处理文件夹下的所有文件：

for i in $(ls /public/home/fengting/demo/pan69/sort_bam)

2、简单的for循环：

for ((i=1i<=33i++))

do  ngmlr -t 10 -r /public/home/fengting/database/reference/rice/IRGSP-1.0_genome.fasta -q /public/home/fengting/data/hhz/H7L$i.arrow.polish.fasta -o /public/home/fengting/data/rihhz/H7L$i.sam

不可以，这个格式是微软专有的。LINUX下的批处理文件一般是.SH格式的。

批处理(Batch)，也称为批处理脚本。顾名思义，批处理就是对某对象进行批量的处理，通常被认为是一种简化的脚本语言，它应用于DOS和Windows系统中。批处理文件的扩展名为bat 。

bat是批处理文件,在windows和linux上都可以使用。

不过在linux的命令行中不可以直接敲"xxx.bat",系统会去找所有的命令。

想要调用bat文件,需要写绝对路径,比如"/home/myDir/xxx.bat",或者是切换到bat文件所在的目录,然后键入:"./xxx.bat".这里的"./"是告诉系统在当前目录下找名为"xxx.bat"的文件执行。

在bat文件中不可以使用windows特有的命令。

在执行bat文件之前,确保bat文件的权限是可执行的,如果没改权限的话,很有可能会报错误:Permission denied.更改权限的方式请自己查询"chmod"命令的使用方法.

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