linux常用的批处理

基本语法：

for i in

do；

done

1、处理文件夹下的所有文件：

for i in $(ls /public/home/fengting/demo/pan69/sort_bam)

2、简单的for循环：

for ((i=1i<=33i++))

do  ngmlr -t 10 -r /public/home/fengting/database/reference/rice/IRGSP-1.0_genome.fasta -q /public/home/fengting/data/hhz/H7L$i.arrow.polish.fasta -o /public/home/fengting/data/rihhz/H7L$i.sam

新建一个文件，名字为test(自己定义的名字)

nano test.sh

在里面编写脚本

          程序必须以下面的行开始（必须方在文件的第一行）：

          #!/bin/sh

符号#!用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序。在这个例子中使用/bin/sh来执行程序。

(能写一些shell普通命令，命令用分号隔开)

例子：

#! /bin/bash

# shutdown pc

sudo

shutdown +1

执行方法

(1)在控制台输入命令执行：

   sh

test.sh

(2)先给脚本可执行权限，双击执行：

右键此文件，选择属性－>权限，最下方会有一个“允许以程序执行文件”，将这一项勾选，就可以了。

或在命令行下附予权限：

      chmod 777

test.sh 或： chmod +x test.sh

你可以在两条或者多条命令之间加上分号。比如，你想在/下创建一个文件夹，然后再给这个文件夹里面创建一个文件，在给这个文件一个777权限。就可以这么写：

mkdir

/testtouch

/test/1.txtchmod

777

/test/1.txt

还有就是管道符。管道符是连接几个命令的。管道符左边的命令是输出，管道符右边的命令式对左边输出的一个输入（有的时候可以理解为一个条件）

比如，有一个文件有100行（假设是/a.txt)，你只想查看第二十五行，就可以这么写：

head

-25

/a.txt

|

tail

-1

那么管道符的左边“head

-25

/a.txt"的意思是查看这个文件的前25行，

管道符的右边是查看倒数第一行，

那么这个命令连起来就可以理解为查看这个文件的前25行中的倒数第一行，也就是第二十五行。

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