Linux文本 *** 作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、 *** 作、统计的命令：

通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 > 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用>(重定向)或是 >>(追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

给定两个文件 a.txt 和 b.txt ，每行是一个记录（假设没有重复），要求输出两集合的交集、并集、差集，输出的结果只包括唯一项。

交集定义为同时出现在两个文件中的记录项；

并集定义为出现在任何一个文件中的记录项；

差集( A-B )定义为出现在A中而且不出现在B中的记录；

对称差集定义为只出现在一个文件中的记录；

假设 a.txt 包括 a, c, b 三行。假设 b.txt 包括 d, e, c, b 四行。

交集 ，把两个文件放到一起排序，只输出次数多于一次的项：

$ sort a.txt b.txt | uniq -d

并集 ，把两个文件放到一起排序，重复的项只算一次：

$ sort a.txt b.txt | uniq

差集(A-B) ，把B的元素重复2份和A的元素放到一起排序，只输出出现一次的项：

$ sort a.txt b.txt b.txt | uniq -u

对称差 ，把两个文件放到一起排序，只输出出现一次的项：

$ sort a.txt b.txt | uniq -u

指定分隔符（-t）及基于哪一列（-k）、基于数值（-n） 、逆序（-r）进行排序

#排序之后删除了重复行，同时在行首位置输出该行重复的次数：

执行命令：sort testfile | uniq -c ，输出结果如下

#仅显示存在重复的行，并在行首显示该行重复的次数：

执行命令：sort testfile | uniq -dc，输出结果如下

#仅显示没有重复的行：

执行命令：sort testfile | uniq -u，输出结果如下

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