Awk将处理两个文件的结果合并为一个文件

概述我使用awk从两个不同的文件中提取和计算信息,我想将结果合并到列中的单个文件中(例如,第1列和第2列中第一个文件的输出以及第3和第4列中第二个文件的输出) ). 输入文件包含： 文件1 SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120 SRR513804.16872HWI ST695_116193610:4:1101:7150:7219 我使用awk从两个不同的文件中提取和计算信息,我想将结果合并到列中的单个文件中(例如,第1列和第2列中第一个文件的输出以及第3和第4列中第二个文件的输出) ).

输入文件包含：

文件1

SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120 SRR513804.16872HWI ST695_116193610:4:1101:7150:72196    SRR513804.2106179HWI-ST695_116193610:4:2206:10596:165949 SRR513804.1710546HWI-ST695_116193610:4:2107:13906:128004    SRR513804.544253

文件2

>SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120TTTTGTTTTTTCTATATTTGAAAAAGAAATATGAAAACTTCATTTATATTTTCCACAAAGAATGATTCAGCATCCTTCAAAGAAATTCAATATGTATAAAACGGTAATTCTAAATTTTATACATATTGAATTTCTTTGAAGGATGCTGAATCATTCTTTGTGGAAAATATAAATGAAGTTTTCATATTTCTTTTTCAAAT

要解析第一个文件,我这样做：

awk '{  s      = NF  center = }{  printf "%s\t %d\n",center,s}' file1

要解析第二个文件,我这样做：

awk '/^>/ {    if (count != "")      printf "%s\t %d\n",seq_ID,count    count  = 0    seq_ID = 
NR==FNR {    s[NR]      = NF    center[NR] =     next}/^>/ {    seq_ID[++y] = 
$cat file1SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120 SRR513804.16872HWI ST695_116193610:4:1101:7150:72196    SRR513804.2106179HWI-ST695_116193610:4:2206:10596:165949 SRR513804.1710546HWI-ST695_116193610:4:2107:13906:128004    SRR513804.544253$cat file2>SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120TTTTGTTTTTTCTATATTTGAAAAAGAAATATGAAAACTTCATTTATATTTTCCACAAAGAATGATTCAGCATCCTTCAAAGAAATTCAATATGTATAAAACGGTAATTCTAAATTTTATACATATTGAATTTCTTTGAAGGATGCTGAATCATTCTTTGTGGAAAATATAAATGAAGTTTTCATATTTCTTTTTCAAAT$awk -f script.awk file1 file2SRR513804.1218581HWI-ST695_116193610:4:1307:17513:49120  4   200ST695_116193610:4:2206:10596:165949  3   0
    ++i    next}NF {    long[i] += length()}END {    for(x=1;x<=length(s);x++) {        printf "%s\t %d\t %d\n",center[x],s[x],long[x]    }}
    next}NF {  long  = length()  count = count+long}END{  if (count != "")    printf "%s\t %d\n",count}' file2

我的临时解决方案是在第二步中创建一个时间和覆盖.获得此输出有一种更“优雅”的方式吗？

解决方法 我对这个要求并不完全清楚,如果你能更新问题,我们可以帮助改进答案.但是,根据我收集的内容,您希望总结两个文件的输出.我假设两个文件中的内容按顺序排列.如果不是这样,那么我们将不得不在打印摘要时添加其他检查.

script.awk的内容(重用大部分现有代码)：

测试：

总结

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