生物数据格式 - vcfbcf

VCF是Variant Call Format的简称，该格式文件是专门用于存储基因序列突变信息的一种文本文件，包括单碱基突变SNV、单核苷酸多态性SNP、InDel、拷贝数变异CNV和结构变异SV等，文件可以采取editplus或pilotedit(建议)打开查看岁指，其二进制存储格式是BCF。vcf文件后续可以用于多种分析，包括但不限于：进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等。vcf文件格式如下：

VCF文件开头是整体的注释信息，以##作为起始，其后接FILTER、INFO、FORMAT等，其中##FILTER开头的行是vcf主体record中第七列缩写词的说明、##INFO开头的行注释vcf主体record中第8列的缩写字母、##FORMAT开头的行注释第九列的缩写字母。

在header之后，vcf主体的每一行是一条record，固定列有9列，以及在之后的第十列，它们分别是：

第一列：#CHROM，数塌染色体号

第二列：POS，在染色体上的位置

第三列：ID，突变名称，一般只有人类才有dbSNP编号，以rs开头

第四列：REF，参考基因组碱基类型，必须大写

第五列：ALT，变异碱基类型，大写，多个以逗号分隔，‘.'表示缺失

第乎毕配六列：QUAL，变异检测质量值，越高越可靠

第七列：FILTER，标记过滤结果的列：通过质控过滤标准的标记为‘PASS’，后续可用其他工具进行挑选过滤

第八列：INFO，附加信息列，附加信息的注释在header的##INFO中

第九列：FORMAT，后面信息的说明列

第十列开始为样品信息：GT=genotype、AD=碱基支持数量、DP=测序深度总和、PL=归一化后基因型的可能性、GQ=PL判读的基因型的质量值，其中当第二小的值小于99时，有必要怀疑基因型的可靠性。

vcf文件基本由bam文件生成，当得到排序并建立索引的bam文件后，可以使用多种工具例如bcftools、gatk、freebayes、lumpy、delly、varscan2等处理得到。

处理vcf格式文件的软件有许多种，包括：bcftools、vcftools、gatk、python_pyvcf、plink等。

———以上属个人理解与记录

本教程 *** 作环境：windows10系统、DELL G3电脑。

vcf是什么格式的文件VCF是通讯录导出的一种格式。

VCF格式是Windows系统中outlook的名片存储格式，简单地说就是我们俗称的通讯录，打开VCF格式需要使用各手机的配套软件，例如vcf通讯录编辑器打开等，用outlook也可以打开VCF文件。但是问题是要么乱码，要么outlook只能导入第一个号码。

VCF格式通讯录格式用途广泛，配拆森一般诺御告基亚、摩托罗拉手机导出通讯录的格式即为VCF。可以把VCF格式保存到电脑上以备不时之需。而且很多网上通讯录的导入格式也是VCF，例如飞信就加入了导入联系人的功能，可以把手机通讯录导入飞信的通讯录里，这样不管你手机在不在，只要有一台电脑就可以对自己的通讯录里的人了如指掌了。

需要强调的的是，一般导入VCF基本都有乱码，可以用工具VCFEncoding工具重新导入一下，这样就可以解决乱码了。还可以在网上找一些网络通讯录，里面基本都会有用记事本改VCF的功能，可是，一个一个改比较繁琐，建议用第一种方法，省时省力。

上面说导入VCF格式通讯录。下面方法是比较简便的，即向电脑导入CSV通讯录格式。因为VCF格式是一个联系人一个VCF文件，导入网络通讯录时得一培亩个一个导入，而CSV则是所有通讯录都集成在一个文件里，这样导入的话就比较方便。先下载转换工具超级强档，之后安装，安装后运行，点文件，其中有一栏为导入，导入VCF的文件夹就可以，之后在点文件，有一栏为导出，导出CSV文件就可以了，例如将通讯录里的人导入飞信就可以用以上步骤，最后将CSV导入飞信就可以了。CSV可以用Excel编辑，自己看情况可以另外编辑。

也可以直接用WPS表格Excel打开VCF格式文件，打开后是表格。也可以对表格进行修改。

vcf通讯录编辑器下载如下：

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