dna文件解析错误怎么办

dna文件解析错误怎么办，原因如下：

第一种原因，这些信息在服务器底层数据库存储时出现了格式错误，此时需要管理员执行数据库周期性的archive *** 作，纠正这些格式错误。

第二种原因，客户端使用的服务器检索程序编写有故障，或者不能处理所有的特殊格式。这种情况需要增强检索查询。

FASTQ是储存原始测序数据的一种文本文件格式，包含核酸序列以及对应的质量值。

每个read有四行：第一行记录测序所用仪器以及read测序时所在通道坐标信息；第二行是ATGC碱基序列，缺省时用N表示；第三行+号；第四行是对应碱基的质量值。

第四行这个质量值（Phred或者Q-score），是用一个整数表示碱基的错误率，P是错误率，

在序列中Q值用ASCII字符表示. ASCII字符与对应的整数转换如下：

SAM文件全程Sequence Alignment Map，是储存生物序列比对到参考基因组的一种数据格式。

samtools view -H命令可以浏览带有@的header的信息不带-H直接是read alignment的信息。

vcf文件是一种储存DNA多态性（SNP、插入、缺失、结构变异）的一种数据格式。

跟SAM文件类似的存储结构，也是header+body。不同软件提供的vcf文件INFO大同小异，主体都是一样：

前八列是必须项，包括染色体CHROM, 变异在染色体上的位置信息POS, 变异的标识符ID, 参考等位基因REF, 逗号分割的其他非参考等位基因ALT, 质量值QUAL, 位点过滤信息FILTER以及变异注释信息INFO。

如果有样本信息，第九列则为FORMAT，从第十列开始则是每个样本的信息。

在FORMAT中的一些关键字，INFO里有时也会有。一般header里都会存储FORMAT出现的所有缩写的解释，但也有时拿到数据时header里没有找到对应的解释，可能是由于在数据过滤的过程中没有保留所有的header信息。

以上是遇到过的一些vcf出现的关键字，也有只含有GT基因型信息的, 它以数字编译等位基因，0是ref，1是alt, 2是第二个ALT... 等位基因的数量表示该生物样本的染色体倍数，分隔符表示等位基因是否分型过phased (‘|’)或者unphased (‘/’)。根据不同分析可能依赖侧重的信息不同，就不一一列举了，有文已经解释的比较清楚，可以按需查询。

Quality (Phred) scores

NGS数据格式02-SAM/BAM最详细解读 - 知乎

variant call format and VCFtools | Bioinformatics | Oxford Academic

vcf文件与vcftools（一） -

VCF (Variant Call Format) version 4.0 | 1000 Genomes

DNA文件用SnapGene软件打开。

打开一个质粒图谱文件，在Topologyoption处选择circular，显示质粒图谱的开放阅读框及转录方向。点击其显示的箭头可显示该ORF的片段大小，GC%等一些信息。

SnapGene是一款综合性的分子生物学的软件，其包括的功能如PCR，酶切质粒，载体构建，电泳等。

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