游戏故事先叙述了初代和斑当年终结谷一战的始末，以此为开端展开故事。正篇从第四次忍界大战鸣人等人对战宇智波带土、佐助前往会见知晓一切的人开始，部分章节分为「阳之道」和「阴之道」，需两条线路均打通才能开启下一章节，此外还有几条支线剧情存在于主线