为什么小鼠胆汁加酸

胆汁酸变化与肠道炎症和菌群变化密切相关，综合筛选得到三种潜在关键胆汁酸CA、UDCA和TCDCA用于后续试验探究。 2关键胆汁酸对小鼠肠道炎症的调控作用 21关键胆汁酸对小鼠肠道炎症和屏障功能的影响。C57BL/6J雄性小鼠分为5组：CON+CON、CON+DSS、CA+DSS、UDCA+DSS和TCDCA+DSS。关键胆汁酸中只有CA极显著缓解DSS诱导的小鼠体重降低和结肠长度变短。CA和TCDCA对DSS诱导的血清甘油三酯增高有缓解趋势，UDCA则无明显作用；CA和TCDCA对DSS诱导的血清总胆汁酸水平升高有缓解趋势，UDCA则无显著作用。三种关键胆汁酸均在一定程度上降低了DSS诱导的血清和肠道中促炎因子释放，缓解小鼠肠道绒毛-隐窝结构受损和肠上皮细胞间紧密连接结构破坏及微绒毛排列杂乱，从而缓解小鼠炎症反应，保护肠屏障功能，其中CA显示出较强的保护作用。 22关键胆汁酸对小鼠胆汁酸受体表达的影响。胆汁酸有效缓解DSS诱导的法尼醇X受体（FXR）和G蛋白偶联胆汁酸受体5（TGR5）蛋白和基因表达下调，其中UDCA对TGR5的表达影响更大，CA对FXR的表达影响更大，而TCDCA对两种胆汁酸受体的表达均无显著作用。上述结果提示，关键胆汁酸显著缓解DSS诱导的胆汁酸受体表达下调。 3关键胆汁酸CA调控小鼠肠道炎症的微生物机制 31移植CA组小鼠粪菌对小鼠肠道炎症和屏障功能的影响。C57BL/6J雄性小鼠分为3组：PBS+DSS、Trans-CON+DSS（移植CON组小鼠粪菌）和Trans-CA+DSS（移植CA组小鼠粪菌）。移植粪菌显著缓解DSS诱导的小鼠体重降低、结肠缩短、脾脏指数增加、脂质代谢紊乱和血清总胆汁酸水平升高，其中移植CA组小鼠粪菌效果强于移植CON组小鼠粪菌。移植粪菌显著降低血清和肠道中促炎细胞因子含量，缓解小鼠肠道绒毛-隐窝结构受损和肠上皮细胞间紧密连接结构破坏和微绒毛排列杂乱，从而缓解小鼠炎症反应，保护肠屏障功能，其中移植CA组小鼠粪菌效果强于移植CON组小鼠粪菌。 32移植CA组小鼠粪菌对小鼠胆汁酸受体表达的影响。移植CA组小鼠粪菌显著提高FXR和TGR5的蛋白和基因表达，而移植CON组小鼠粪菌对FXR的蛋白和基因表达有上调趋势，对TGR5的蛋白和基因表达无显著影响。上述结果提示，关键胆汁酸CA依赖肠道菌群缓解小鼠胆汁酸受体表达紊乱。 33移植CA组小鼠粪菌对小鼠肠道菌群稳态的影响。移植CA组小鼠粪菌显著缓解DSS诱导的小鼠肠道微生物群落多样性降低，但对物种丰度降低无显著影响；β多样性结果表明移植CA组小鼠粪菌完全改变了小鼠原有的肠道菌群结构。差异物种判别结果表明移植CON组小鼠粪菌提高致病性尼泊尔葡萄球菌，益生性Faecalibaculumrodentium和毛螺旋菌GAM79的比例，而移植CA组小鼠粪菌显著提高鼠乳杆菌、Faecalibaculumrodentium、假双歧杆菌PV8-2和罗伊氏乳杆菌等益生菌比例，降低有害菌丰度。功能预测分析表明，移植CA组小鼠粪菌显著降低pathwaylevel1中6大功能的Metabolism相对丰度，显著提高GeneticInformationProcessing和EnvironmentalInformationProcessing的相对丰度；数据库分析发现移植CA组小鼠粪菌显著降低DSS诱导的BSH活性过度升高。 4肠道菌群相关胆汁酸调控肠道炎症反应的分子机制 41肠道菌群相关胆汁酸对DSS处理巨噬细胞的调节作用。试验分组如下：CON，DSS，CA+DSS，UDCA+DSS和TCDCA+DSS。三种胆汁酸均显著缓解DSS诱导的促炎细胞因子基因表达上调和释放量增加，其中CA作用效果最为显著；但仅CA显著缓解DSS诱导的FXR和TGR5表达下调。 42肠道菌群相关胆汁酸对DSS处理巨噬细胞调节作用的机制探究。转录组测序结果表明，与CON组相比，DSS组有2987个基因的表达水平显著升高，主要富集到免疫相关通路“Autophagy”和“PPARsignalingpathway”；与DSS组相比，CA+DSS组有992个基因的表达水平显著降低，主要富集到免疫相关通路“NF-kappaBsignalingpathway”和“Non-alcoholicfattyliverdisease”。蛋白结果表明胆汁酸均极显著抑制NF-κB信号通路活化，而对上游IKKs蛋白表达无显著影响，但显著降低MAPKs的磷酸化水平。上述结果提示，胆汁酸通过抑制MAPKs/NF-κB信号通路活化缓解DSS诱导的巨噬细胞炎症反应。 综上所述，本试验在DSS诱导的小鼠肠道炎症模型下筛选得到三种关键胆汁酸CA、UDCA和TCDCA，并证实其有效缓解DSS诱导的小鼠肠道炎症；利用粪菌移植技术证实CA依赖肠道菌群调控小鼠炎症的作用机制；同时体外利用巨噬细胞证实胆汁酸依赖MAPKs/NF-κB信号通路抑制细胞炎症，为揭示肠道炎症性疾病的内在机制和寻求抵御肠道炎症反应的代谢分子或营养素提供了理论基础。

目的采用大肠杆菌β-半乳糖酶基因LacZ作为报告基因,建立Tyro3、Axl受体酪氨酸激酶含有loxp位点的转基因小鼠与不同组织特异性Cre小鼠杂交,获得时空性表达Tyro3、Axl的转基因小鼠,为研究其在各个组织中的功能奠定基础方法构建含有loxp位点的Tyro3、Axl受体酪氨酸激酶质粒,测序正确后,通过显微注射法将插入CAG启动子下游的Geo-STOP-msAxl及Geo-STOP-msTyro3基因的转基因载体注射入BDF1供体鼠受精卵,移植受精卵至ICR受体鼠,待产仔后,通过双引物PCR鉴定F0以及Fn代小鼠的基因型,RT-PCR,X-gal染色观察小鼠组织中LacZ基因,运用WB(Western Blot)检测转基因小鼠和野生型小鼠体内目的蛋白表达的差异结果获得了含有目的基因的转基因阳性小鼠;通过RT-PCR对阳性小鼠证明LacZ基因的存在;对存在LacZ基因的小鼠进行X-gal染色,在Geo-STOP-msTyro3的脑、睾丸、胸腺中观察到蓝色沉淀,在Geo-STOP-msAxl的脑、心、肾中观察到蓝色沉淀,间接说明目的基因能表达的组织和器官;对双阳性的Geo-STOP-msTyro3、Geo-STOP-msAxl转基因小鼠和野生型小鼠,WB检验证实Tyro3、Axl基因的表达没有差异,说明在加入stop序列之后,Tyro3基因确实存在,而且表达受到抑制结论成功建立Geo-STOP-msAxl及Geo-STOP-msTyro3酪氨酸受体转基因小鼠

指导入的基因中含有Lox-SToP-Lox（LSL）盒结构，比如：

在这个模型中，正常情况下无法表达SOX2或FGFR1（这个就不解释了，码字很麻烦），但由于有LSL盒结构的存在，且LSL中两个Loxp位点反向排列，通过Cre重组酶可诱导loxP间的序列翻转，从而使启动子CAGGS方向向左，最终使目的基因得以表达。这其实就是一个Cre-loxp系统经典的应用。

可以去 NCBI （美国国立生物技术信息中心） 网址查！！！只要你知道你搜索的 基因名称之类的东西，不然搜索很难的···

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虽然在阿尔茨海默病(AD)的淀粉样斑块周围观察到复杂的炎性样改变，但对表征这种反应的分子变化和细胞相互作用知之甚少。我们在此研究，在AD小鼠模型中，利用空间转录组学研究淀粉样斑块周围100毫米直径的组织中发生的转录改变。我们发现早期的基因共表达网络中富含髓磷脂和少突胶质细胞基因(OLIGs)，而斑块诱导的基因(猪)的多细胞基因共表达网络中，包括补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症，在疾病的晚期表现突出。我们通过对小鼠和人脑切片的原位测序，在细胞水平上证实了大部分观察到的改变。全基因组空间转录组分析提供了一个前所未有的方法，以解开在AD和其他脑疾病的致病特征附近的失调的细胞网络。

(A)在3、6、12和18个月大时收集AppNL-G-F和WT大脑的10毫米冠状切片。中间切片行ST，相邻两个切片行免疫染色。(B)每个脑区TDs的总数。(C和D) 10327个转录组谱的t-SNE图。TDs按脑区(C)、基因型和年龄(D)染色，TH、丘脑;忧郁,hy - pothalamus;FB,纤维束;海马的树突状层;海马体层;CNU脑核;CTXsp皮质底板;OLF嗅觉区;ENTI,内嗅区;TEP、时间联合区、外嗅区和嗅周区;澳元,听觉区;SSp，主要躯体感觉区;后顶叶联合区;负责,retrosplenial区域。

免疫染色的抗体(6E10，白色)、星形胶质细胞(GFAP，绿色)、神经元(NeuN，红色)和细胞核(DAPI，蓝色)显示年龄(月)。标尺，500毫米。下图:皮质初级觉区TDs (yel- low圆，直径100mm)放大。(B) Ab负荷的量化。**的圆圈表示相关的TDs。像素强度的标准差与内依赖专家分析具有最好的相关性，并被用作TD的Ab指数。(C)绘制每个大脑区域的对数变换Ab指数在指定年龄的平均值。(D)散点图显示通过ST (y轴)或RNAscope (x轴)检测到的每个靶点Ab暴露的LFC函数，如图(E)所示(tar- gets:红色或绿色，箭头)，有5个同心环的斑块。皮尔逊相关= 092,p = 0009。标尺，50毫米。

猪模块是在Ab暴露18个月时功能变化最大的WGCNA模块(见文本和图S3B)。(A) 57头基因型模型猪在指定年龄的低脂猪肝。每个点代表一头猪。(B) AppNL-G-F小鼠各区域猪Z得分平均值。(C)各TD中57头猪Z得分均值(y轴)与对数变换Ab指数均值(x轴)正相关。皮尔逊相关= 039,p 0。(D)维恩图，突出了猪与ARM/DAM小胶质细胞和A1星形胶质细胞的重叠。参见图S3D。前10个连接的枢纽基因用红色标出。(E和F) 3 (E)月龄和18 (F)月龄的散点图。y轴表示基因在TDs中表达的LFC，函数为log-transform Ab指数。x轴表示AppNL-G-F与WT小鼠基因表达的LFC。猪模块的个体基因(紫色)，人类ad相关小胶质细胞标记的小鼠原型(Mic1，橙色;(Mathys et al， 2019)，表示两个数据集之间的重叠(绿色)。

18月龄AppNL-G-F小鼠的冠状切片(A)和海马体放大(B)中84个基因(猪和细胞类型标记基因)的分布情况，通过原位测序(ISS)证实。(C) (A)和(B)中显示的84个基因的颜色，包括红色的neuronal(即Syp、Neurod6和Grin3a)，**的小胶质细胞(即Itgam、Cx3cr1和Csf1r)，绿色的星形胶质细胞(即Slc1a3、Gfap和Serpina3n)，蓝色的少突胶质细胞转录本(即Plp1和Laptm5)。(D)从R1(环1，最近的区域)到R5(环5，最远的区域)的淀粉样斑块周围区域。淀粉样斑块(6E10)为白色，而核(DAPI)为蓝色。(E) 18月龄AppNL-G-F小鼠ST和ISS基因表达变化的散点图比较。y轴显示的是通过st检测到的根据log-transformed Ab index的每个靶点的LFC值。x轴显示的是通过ISS检测到的每个靶点在第1环(斑块)中的富集情况(log2 odds ratio [L2OR])。黑点显著，而灰色则不显著。(F)感兴趣的单个点(白色)到半径5毫米的细胞类型标记之间的距离分数示例。参见图S7。(G和H)所选标记(G)和猪(H)的细胞标记。从2个基因型的4个冠状切片中检测到的每个基因的总数和斑点总数;WT和AppNL-G-F小鼠中检测到的相对计数，以及AppNL-G-F小鼠斑块中检测到的puncta比例;淀粉样斑块的富集，L2OR基因斑点的二项试验，负值表明耗尽;细胞分配，每个基因在特定细胞类型中的富集

(A)月龄和18 (B)月龄时OLIG模块对Ab积累(A)和(B)散点图的时空响应。y轴表示基因在TDs中表达的LFC，作为对数转化Ab指数的函数。x轴表示AppNL-G-F与WT小鼠基因表达的LFC。OLIG模块的个体基因(红点)，人类ad相关少突胶质细胞标记的小鼠原体(Oli0，橙色点;(Mathys et al， 2019)，表示两个数据集之间的重叠(绿点)。参见图S3B。(C) AppNL-G-F小鼠在3个月和18个月时，各区域、各年龄对数转化Ab指数对165个OLIG基因低脂层数的平均值(mesh, non-significant LFC, p >00001)。(D)根据Ab暴露在TDs亚群中的OLIG表达情况。y轴表示OLIG的表达(平均Z分位数归一化到全脑水平最低Ab分位数集合Q4的平均值)。 p & lt;005, p & lt;0005 p & lt;00005, Mann-Whitney U检验与Q4比较，p值采用Benjamini- Hochberg程序校正。(E)定量(F) (F) RNAscope联合免疫荧光分析AppNL-G-F小鼠3月龄时淀粉样斑块(6E10，白色)附近的Mbp、Olig2、Plp1和Cnp。核是蓝色的(DAPI)。标尺，50毫米。

用ISS在人脑中显示的猪和OLIG模块(A) AD患者额上回细胞类型标记物的分布。刻度条，1000毫米和500毫米(放大)。基于所有细胞类型标记基因组合，对所有点状细胞进行一次细胞类型分配。标记:红色，神经元(如DLGAP1);蓝色，少突胶质(如MAL);**小胶质细胞(如CX3XR1);绿色，星形胶质(如ADGRV1)。参见图S6和S7以及表S6。(B和C) 45头被检测猪(紫色，B)和42个OLIGs(红色，C)的人类标准基因表达。鳞条，1000 mm。(D和E)猪(D)和OLIGs (E)的量化。总数，6个个体检测到的每个基因的斑点总数;相对计数、非痴呆对照组(NDCs)、AD患者和AD患者斑块中puncta的比例;在淀粉样斑块中富集，斑点基因LOR在斑块中富集;细胞分配，每个基因在特定细胞类型中的富集(benjamin - hochberg -corrected p <005)。球的大小与l2或成正比。

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