找不到某个蛋白的nes序列怎么办

如果找不到某个蛋白的nes序列，可以尝试使用一些蛋白序列数据库，例如UniProt数据库或NCBI蛋白数据库，来寻找对应的nes序列，或者使用一些在线分析工具，如iTasser或PSI-BLAST，来搜索对应蛋白的nes序列。

PDB 是蛋白质复合物的数据库，一个pdb id 往往代表多个蛋白质形成的复合物，或者蛋白质与小分子形成的复合物。而uniprot是蛋白质数据库，一个id就代表一个蛋白质。

考虑到一个蛋白质可能与多个其他蛋白或者小分子组合，因此，不同的pdb中会包含相同的蛋白质，也就是说一个uniprot id会对应多个pdb id

将PIR、SWISS-PROT和TrEMBL3个蛋白质数据库统一-起来组建而成，包含3个部分:

(1) UniProt Knowledgebase (UniProtKB) ，这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等蛋白质知识库，记录经过人工筛选和注释;

■ (2) UniRef ( UniProt Non-redundant Reference )

数据库，将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度;目前，根据序列相似程度形成3个子库，即UniRef100、UniRef90和UniRef50;

■ (3) UniParc (UniProt Archive)，是UniProt存档库 ,

收录所有蛋白质序列。用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。

Uniprot里面Gene name里面浅色的是编码蛋白

Uniprot是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库，整合 Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大数据库的数据而成。怎样用uniprot对需要的蛋白进行注释呢？那我们就用uniprot数据库对一些微生物蛋白进行分型，找到这些蛋白对应的界门纲目科属种的注释信息。

uniprot数据库怎么把氨基酸序列转为核酸碱基序列：

(1）在搜索框输入蛋白名（以Cystatin-C为例）之后search，进入下图界面；

①区域即为人物种的Cystatin-C蛋白结果。

(2)点击蓝色ID，进入下一级页面（链接：uniprotorg/uniprot/P01034#ptm_processing）；

③区域主要是蛋白名、基因名、物种信息、蛋白研究水平等

(3)红框为蛋白完整氨基酸序列，点击FASTA即可下载此蛋白序列；

(4）下载蛋白序列。

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