1.基因的排列顺序，和碱基对的排列顺序有区别:碱基对的排列顺序决定了基因的排列顺序
2.染色体变异包括结构的变异和数目的变异，不产生新的基因，只是基因的数目或者位置发生了改变。
1.等位基因的根本区别是脱氧核苷酸排列顺序不同的原因：
1）等位基因是指：同源染色体上，相同位置，控制相对性状的一对基因。如A和a基因互为等位基因。
2）基因是指：是具有遗传效应的DNA片段。基因的基本组成单位是4种脱氧核苷酸，脱氧核苷酸排列顺序不同，则基因不同。
所以，等位基因的根本区别是脱氧核苷酸排列顺序不同。
2.等位基因上的遗传信息不相同。
1）遗传信息是指：基因中的碱基排列顺序（或脱氧核苷酸的排列顺序）。
2）等位基因如A和a基因，A为显性基因，a为隐性基因，二者的碱基排列顺序是不同的。
所以，等位基因上的遗传信息不相同。
