导致阴茎短小的病因有：
1、部分性抗雄激素综合征，即阴茎对雄激素不敏感，患者体内睾酮水平正常，但第二性征异常，甚至可能有尿道下裂。
2、病变原发于睾丸的高促性腺激素性腺功能低下症，这时下丘脑和垂体正常，能发出强有力的指令，但睾丸有病，无法执行生产性激素和精子的命令。
3、低促性腺激素性腺功能低下症，这是因为下丘脑和垂体有病变，不能向下发出分泌睾酮指令。
4、特发性阴茎短小，原因至今不明。
目前对于成年男性来说，唯一有效的方法就是手术治疗了
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阴茎短小主要有以下几种因素，都是可以治疗的：
1、最为根本的是遗传基因的影响。
2、无论哪种短小，都可以用育康维安疗法进行治疗，可以增加尺寸。
3、内体寒、怕冷、体内阳气严重不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分阴茎仍内缩于腹腔内。
4、后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，例如：长其从事微波、超声、高温、放射线等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒及长期食用粗制棉籽油等，均可以引起睾丸萎缩。
5、在母体怀孕期间因用药不当影响到雄性激素的分泌，产生先天不足，缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良。
6、青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
7、性生活过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。
8、曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足。
9、一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
10、包皮过长，缺乏生长的必要空间，阻碍阴茎的发育生长。
