1、门诊补偿
村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
中药发票附上处方每贴限额1元。
镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
2、住院补偿
报销范围：
A、药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元；手术费（参照国家标准，超过1000元的按1000元报销）。
B、60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
报销比例：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
3、大病补偿
镇风险基金补偿：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额1.1万元。
法律依据:
《关于加快推进新型农村合作医疗试点工作的通知》 各省(区、市)要在认真总结试点经验的基础上，加大工作力度，完善相关政策，扩大新型农村合作医疗试点。2006年，使全国试点县(市、区)数量达到全国县(市、区)总数的40%左右2007年扩大到60%左右2008年在全国基本推行2010年实现新型农村合作医疗制度基本覆盖农村居民的目标。东部地区可在规范管理的基础上加快推进速度，有条件的地区可探索多种形式的农村医疗保障办法。在推进试点工作中，各地区要贯彻自愿、互助、公开、服务的原则，坚持农民以家庭为单位自愿参加，不搞强迫命令坚持合作医疗制度的互助共济性质，动员农民共同抵御疾病风险坚持公开、公正、公平，规范操作，加强监管坚持便民利民，真正让农民受益。
报销比例结果见下面：乡镇卫生院、社区卫生服务机构，起付线200，可报销85%；三类收费标准医疗机构，起付线300，可报销70%；二类收费标准医疗机构，起付线500，可报销65%；市级一类收费标准医疗机构，起付线1100，可报销60%。
三甲医院报销比例55%，有转诊证明按55%报销，没有转诊证明按35%报销。新农合转诊窗口在为患者办理纸质转诊手续的过程中，同时进行网上电子转诊，这种情况报销比例是一样的，另外急诊、重症精神病，不需办理纸质转诊，可通过电话直接实施电子转诊，其报销比例出不会降低。非急诊和重症精神病，不先办理纸质转诊手续，直接去外地住院，住院后通过电话实施网上电子转诊，这种情况称非正常转诊，报销比例下调20%，这样报销比例就不一样了。正常情况下，要先到本县县级医疗机构就诊，因病情严重，该院医疗条件限制，医生会建议县外医疗，并出具转诊转院证明，再到县农合转诊窗口审批，然后到指定的医院就诊治疗，这种情况称之为逐级转诊，也叫正常转诊，报销比例不会降低。一、转诊手续办理地点
参保人员可在全市医保定点的社区卫生服务中心（或一级医院）就医，因病情需要到二、三级医院就医的，需办理转诊手续。
二、门诊转诊手续
1、由就诊医院的经治医师开具《xx市基本医疗保险门诊转院证明》（以下简称门诊转院证明），再到该医院有关部门审核盖章，并由经办人员刷卡登记。
2、参保人员到转入医院首次就医时，应当凭本人的社会保障卡（或医保卡）、门诊转院证明办理转入手续。转入医院将其门诊转院证明留存。
3、门诊转院证明自开具之日起，有效期为3个月。超出3个月后需继续转院的，参保人员应当到社区卫生服务中心（或一级医疗机构）重新办理转院手续。
4、参保人员转至二、三级医院后，仍可在社区卫生服务中心（或一级医疗机构）持卡就医并上网结算医疗费用。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
