每一个变性者都有一段曲折的经历，他们走上变性之路的原因各异，归纳一下，变性的原因大致主要有以下几种：
（一）想要变性：心理疾病导致的结果
由于种种因素（目前病因尚不清楚），病人对性别的自我认知发生错位，强烈地希望改变自身的生理性别。这属于心理疾病，在国外，这种特征被称为“性别身份识别障碍”，国内则常称其为“易性癖。
（二）选择性别：生理畸形者的艰难抉择
由于先天发育发生变异，有人会发育出两套生殖器官，这些人需要长大以后自己选择性别身份，或进行性染色体测定，以决定自己是男是女。生理上的缺陷导致他们不得不重新审视自己的性别。
（三）寻求变性：性荷尔蒙是罪魁祸首
从生物遗传学的角度来看, 有许多证据显示： 性荷尔蒙的过量及缺乏都会影响到主管性别认同的脑组织的功能，从而产生不同程度的性别认同障碍[2]。
（四）改变性别：性别指定酿下的恶果
有的父母、祖父母因为种种原因将孩子从小当作异性来养。导致他们逐渐背离自身的生理性别并适应异性的生活方式，当他们渐渐长大后，由于长期按照异性的生活方式生活，他们中的一部分人就萌生了改变自身生理性别的强烈愿望。
（五）重建性别：都是“意外”惹的祸
还有极少部分人，他们因烧伤、烫伤、车祸等，毁坏了生殖器官，这迫使他们不得不重建性别。可以说，他们是被动的变性者。
性别身份是由生理、心理与社会三者的综合因素决定的，三者中任何一方面出现异常都可导致人们出现性身份识别障碍，忍受着常人难以想象的肉体和灵魂分裂之苦。当然，这也促生了他们强烈的变性欲望。
