每吨土壤中大约有四百万种细菌。英国研究者称，花园中的细菌可能比地球上的所有海洋中的细菌都要多。他们已发现了一种从少量的水与土壤中估计出全球的细菌的种类的方法。 他们推算出海洋中有两百万种细菌，土壤中每吨含有四百万种。通常研究者通过遗传现象来计算细菌种类，但是他们却通过研究样品中的细菌种类，根据比例来推算出细菌的种类。在海洋中，最常见的细菌占了1／4，但是，在土壤中，却只占了总数的十分之一。一毫升海水中有一百六十种细菌，在一克土壤中含有六千四至三万八千种细菌。
土壤中含有大量的微生物，土壤中的细菌来自天然生活在土壤中的自养菌和腐物寄生菌以及随动物排泄物及其尸体进入土壤的细菌。它们大部分在离地面10～20厘米深的土壤处存在。土层越深，菌数越少，暴露于土层表面的细菌由于日光照射和干燥，不利于其生存，所以细菌数量少。
土壤中的微生物以细菌为主，放线菌次之，另外还有真菌、螺旋体等。土壤中微生物绝大多数对人是有益的，它们参与大自然的物质循环，分解动物的尸体和排泄物；固定大气中的氮，供给植物利用；土壤中可分离出许多能产生抗生素的微生物。进入土壤中的病原微生物容易死亡，但是一些能形成芽胞的细菌如破伤风杆菌、气性坏疽病原菌、肉毒杆菌、炭疽杆菌等可在土壤中存活多年。因此土壤与创伤及战伤的厌氧性感染有很大关系。
