肛裂表现为疼痛和出血。其痛很有特点，即先于排便时突发刀割样疼痛(由于粪便划破肛管皮肤所致)，然后由于排便终止而短暂缓解，继而出现长时间肛痛(由于肛门括约肌受刺激后产生痉挛所致)。肛裂的疼痛只发生在排便时，排便后疼痛基本消失，但反复发作时，排便后也会有火烧火燎样的疼痛，一般持续20～30分钟，严重时可达半天以上。
肛裂一定会出血的。肛裂在早期的时候，很容易大便带血，在后期慢性期出血较少。
肛裂在临床上主要是肛门疼痛，排便时因为粪便对肛裂溃疡面造成物理刺激，刺激末梢神经造成疼痛，便后随着括约肌痉挛，再次出现疼痛。伴随的肛门出血一般量不多，呈鲜红色，滴于大便上或者手纸染血，出血不和大便相混。
随着病程的进展进入慢性期，因为溃疡面边缘瘢痕坚韧，溃疡底部凹凸不平，覆盖增生的肉芽组织，故不易出血，排便时疼痛明显，而很少大便带血。所以，临床上也可以通过肛门出血，大致判断肛裂早晚期。
痔疮是由于肛周有组织改变，比如说静脉曲张或者说结缔组织增生形成了一个痔，往往能够看到有外痔的皮赘或者肿胀。内痔可以有出血，但是一般跟肛裂有明显的区别，肛裂的症状是可以看到有疼痛和出血同时存在，而且时间一长，在肛裂口的外面有一个皮赘称为少阴痔。在肛管附近还可以看到肥大的肛乳头，也就是肛裂的三联征。
