微生物与土壤肥力有密切的关系，肥沃的土壤里微生物多，贫瘠的土壤里微生物少，没有微生物的土壤就成了死土。这是因为土壤中有机物质的分解，植物所需各种营养成分的转化都离不开微生物的活动。土壤微生物还能分泌出多种酶和生长刺激素，促进植物根系的生长，把土壤微生物比作植物的胃，并不为过。土壤微生物另一个重要作用是通过其生命活动形成腐殖质，从而把土壤无机颗粒粘结在一起成为团粒，既能保肥保水，又能通气和便于根系生长，改善土壤物理性状，是土壤改良的重要目标。
与人类友好（对人类来说有用或有益）的微生物有：细菌：乳酸菌，可以做酸奶。醋酸菌，用来酿造醋。谷氨酸棒杆菌，可以用来生产味精。枯草芽孢杆菌，可以用来生产蛋白酶。。。
酵母菌：酒精酵母，可以用来生产酒精和甜酒酿（醪糟）。葡萄酒酵母，可以用来生产葡萄酒。啤酒酵母，可以生产啤酒，面包酵母，可以用来蒸发面馒头。。。
霉菌：青霉菌，用来生产青霉素。黑曲霉和米曲霉，可以用来生产蛋白酶和淀粉酶，还可以用来生产酱油。。。
放线菌：除青霉素外，几乎所有的抗菌素都是由放线菌生产出来的，而且每一种放线菌产生的抗菌素都不相同。
微生物——细菌是大地的清洁工，地球上每时每刻都有数不尽的有机体死亡，其中只有不到10%的落叶及1%以下的死树被动物吃掉，剩余部分就成为真菌或细菌的食物。如果没有这些真菌和细菌，特别是人们常说的腐生细菌，那么，动物不能消化的物质会不断堆积，长此以往，地球就可能被死去的动植物的尸体垃圾所堆满，人和其他生物体就没有存身之地。以食草为主的多细胞动物不易消化纤维素，即使像牛和白蚁这些专门以富含纤维素的草木为食物的动物，也只能靠生活在消化道内的无数细菌才能将纤维素分解。人类对微生物的认识，是从有了显微镜以后才真正开始的，这时人们清楚地看见了这些微小的生命。法国医生巴斯德发现病原菌后，人们把细菌和传染病联系起来，以至于普通人说起细菌就认为是致病而有害的细菌。实际上，病菌只占全部细菌的一小部分。
