酱油的发酵分两阶段进行，其中包含了三种类型微生物的生化作用，这些微生物有曲霉菌、乳酸菌和酵母菌。第一步：用酱油曲霉和米曲霉接种到煮过的大豆和烘焙压裂的小麦混合物上。第二步：当霉菌生长到一定程度，混合物上布满了菌丝时，放入18%的盐水中进行发酵。
主要是酵母菌和曲霉菌
制成的酱曲移入发酵池或发酵罐,再加盐水发酵.发酵是一个生物转化过程,通过温度和时间,让米曲霉分泌多种酶,其中是蛋白酶和淀粉酶、蛋白酶分解蛋白质为氨基酸,淀粉酶把淀粉分解成葡萄糖.
由于发酵过程中,从空气中落入酵母菌和细菌也进行繁殖,也分泌多种酶酵母菌发酵成酒精,由乳酸菌发酵成乳酸因此为了防止杂菌落入,而影响氨基酸生成率,必须在发酵过程中加强卫生管理,其中一种方法是在发酵面层封上无毒塑料膜和粗盐,和盖上玻璃盖,这样既可以让其吸收太阳温度,增加香气,也可以防止雨水落入.同时发酵容器周围也要经常清洗,保持良好卫生发酵条件.
