第16集团军，隶属沈阳军区，驻地吉林长春。
一、通信团：吉林长春
二、第25工兵团：吉林吉林
三、教导大队：吉林辽源
四、司训大队：吉林吉林
五、摩托化步兵第46师：吉林长春
1、136团：吉林长春（模范红五团、红九连、平型关大战突击连）
2、139团：吉林省公主岭市（模范红十二团、平江起义第一团）
3、炮兵团：吉林长春
4、高炮团：吉林市冯家屯
5、装甲团：吉林市船营区
六、摩托化步兵第48旅：吉林通化（登城第一营）
七、摩托化步兵第68旅：齐齐哈尔
八、摩托化步兵第69师：哈尔滨（现已改为机步旅）
1、205团：哈尔滨（老虎团）
2、207团：哈尔滨
3、炮兵团：哈尔滨
4、高炮团：佳木斯
5、装甲团：蛟河
九、装甲第4师：梅河口
1、装甲14团：梅河口山城镇
2、装甲15团：辽宁开原
3、装甲16团：梅河口海龙镇
十、炮兵团：吉林东丰
十一、炮兵旅：吉林延吉（原炮10师、董存瑞部队）
十二、防空高炮旅：长春朝阳区富锋镇
第七三一部队驻在距哈尔滨市20千米的平房一带，建有庞大的军用市镇，其中设有许多办公室和实验室，储存大量原料。周围划有禁区，严守秘密。部队占地超过7.5平方千米，拥有3000多名工作人员。
