2000年3月9日在深圳证券交易所挂牌上市，股票代码000999。公司于2007年11月底正式进入华润集团。2010年2月，公司名称由“三九医药股份有限公司”正式变更为“华润三九医药股份有限公司”。该公司主要业务为非处方药和中药处方药，主要产品为三九胃泰、999感冒灵、999皮炎平、999小儿氨酚、999正天丸、999强力枇杷露、气滞胃痛颗粒、999参附注射液、999参麦注射液等。
华润三九和惠州九惠的区别公司不同。1、华润三九：华润三九和三九药业是同一个企业。华润三九医药股份有限公司是大型国有控股医药上市公司，前身为深圳南方制药厂。公司于2007年11月底正式进入华润集团。2010年2月，公司名称由“三九医药股份有限公司”正式变更为"华润三九医药股份有限公司"。主要从事医药产品的研发、生产、销售及相关健康服务。其中覆盖了感冒用药、皮肤用药、胃肠用药等近10个子领域。处方药品种覆盖了抗肿瘤及心血管等治疗领域。公司拥有年销售额过亿元的品种13个，其中，999感冒灵系列销量连续五年位居感冒药市场第一。三九胃泰和999皮炎平也分别位居OTC胃药和皮肤药的前列。
2、惠州九惠：九惠制药股份有限公司坐落于广东省惠州市美丽的金山湖畔，环境优雅、是一家花园式的现代化制药企业。公司前身是一家濒临倒闭的国企——惠州市药用干膏厂，后经惠州市政府批准，首批改制成民营企业。九惠制药股份有限公司坐落于广东省惠州市美丽的金山湖畔，环境优雅、是一家花园式的现代化制药企业。
三九企业集团是国务院国有资产监督管理委员会直接管理的国有大型中央企业。下属企业包括：
三九集团制药企业
深圳三九药业有限公司
三九医药股份有限公司
乐山三九长征药业股份有限公司
北京三九科技有限公司
中生三九药具发展有限公司
三九胃泰(香港)有限公司
万荣三九药业有限公司
四川三九健康产业发展有限公司
武汉中敏基因工程有限公司
浙江三九邦而康药业有限公司
深圳三九胃泰股份有限公司
广州三九科工贸实业发展公司
