1、床位数不一致。
二甲医院住院床位总数100张至499张，三甲医院住院床位总数500张以上。
2、人员配置不一致。
二甲医院每床至少配备0.88名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，至少有3名具有副主任医师以上职称的医师，各专业科室至少有1名具有主治医师以上职称的医师。
三甲医院每床至少配备1.03名卫生技术人员，每床至少配备0.4名护士，各专业科室的主任应具有副主任医师以上职称，临床营养师不少于2人，工程技术人员（技师、助理工程师及以上人员）占卫生技术人员总数的比例不低于1%。
3，科室设置不一致。
二甲医院的临床科室：至少有急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、麻醉科、传染科、预防保健科，其中眼科、耳鼻喉科、口腔科可合并建科，皮肤科可并入内科或外科，附近已有传染病医院的，根据当地《医疗机构设置规划》可不设传染科；
二甲医院的医技科室：至少设有药剂科、检验科、放射科、手术室、病理科、血库（可与检验科合设）、理疗科、消毒供应室、病案室。
三甲医院的临床科室：设急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、中医科、耳鼻喉科、口腔科、眼科、皮肤科、麻醉科、康复科、预防保健科；
三甲医院的医技科室：至少设有药剂科、检验科、放射科、手术室、病理科、输血科、核医学科、理疗科（可与康复科合设）、消毒供应室、病案室、营养部和相应的临床功能检查室。
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4、设施配置不一致。
二甲医院每床建筑面积不少于45平方米；病房每床净使用面积不少于5平方米；日平均每诊人次占门诊建筑面积不少于3平方米。
三甲医院每床建筑面积不少于60平方米；病房每床净使用面积不少于6平方米；日平均每门诊人次占门诊建筑面积不少于4平方米。
5、承担医疗任务不同。
二级医院：是向多个社区提供综合医疗卫生服务和承担一定教学、科研任务的地区性医院。
三级医院：是向几个地区提供高水平专科性医疗卫生服务和执行高等教育、科研任务的区域性以上的医院。企事业单位及集体、个体举办的医院的级别，可比照划定。
参考资料来源：/baike.baidu.com/item/%E5%8C%BB%E9%99%A2%E7%AD%89%E7%BA%A7%E5%88%92%E5%88%86%E6%A0%87%E5%87%86/7912693?fr=aladdin"target="_blank"title="百度百科-医院等级划分标准">百度百科-医院等级划分标准
二级甲等医院病床数在101张~500张之间，是向多个社区提供综合医疗卫生服务和承担一定教学、科研任务的地区性医院。具有五百张以下，一百张以上病床的规模的医院可以申报二级医院，又根据技术力量、设备条件、人员结构、科研水平等划分为甲、乙、丙三等。二级甲等医院应该是二级医院中实力最强的。三级甲等医院是依照中国现行《医院分级管理办法》等的规定划分的医疗机构级别，是中国内地对医院实行"三级六等"的划分等级中的最高级别。三甲医院申报考核的主要项目包括医疗服务与管理、医疗质量与安全、技术水平与效率。内地民营医院也可以参与医疗等级评定。病床数在501张以上，是向所在地区以及周边辐射区域提供高水平医疗卫生服务和执行高等教育、科研任务的区域性以上医院。二级医院指的是县级医院，三级医院说的是市级医院，所以在级别方面当然是三甲医院高，除了技术好、综合实力也强，适合于各种危重的病人就诊。但是二甲医院也是正规医院，如果不是危重症患者二甲医院就诊是蛮可以的，在住院报销方面二甲医院的报销比例要高。