样本提取是实验关键一环，没有好的样本，一切数据就犹如没有地基的大厦，盖得越高，倾覆的概率就会越大！所以开展好一个实验，首先要从评价核酸质量是否达标开始，RIN值是样本检测中比较重要的...
RIN值，即RNA integrity number（RNA完整值），是安捷伦公司开发的以数字化形式表示 RNA 完整性的参数。在高通量测序样本检测报告中经常出现，用来衡量样品中抽提的RNA的质量；了解RIN值需先了解下28S和18S比值。 28S和18S比值： 28s和18s是真核生物RNA（核糖体RNA）的两个主要亚基，在完整性较好的RNA样本电泳条带上应是28S在上，18S在下，且亮度为28S是18S的两倍，理论上未发生降解的RNA样本28S/18S比值等于2.0；但在实际取样提取过程中，RNA可能会发生各种途径的降解，体现在电泳条带上就是28S/18S比值会下降；此前，研究者们已将核糖体比值作为特征值应用在生物分析仪软件中，用来表征凝胶分析中RNA 的完整性。然而，仅通过总RNA的核糖体比值去评估RNA的完整性通常不准确，而Agilent 2100生物分析仪系统通过显示RNA片段大小分布的详细画面（下图），能更好的评估RNA完整性。
注：总RNA样品经过不同时间降解，并且在Agilent 2100生物分析仪系统上使用真核细胞总RNA Nano分析法分析所得的样品；随着降解推进，可以观察到向较短片段大小方向偏移。RNA降解是一个逐渐的过程，随着降解推进，18S/28S核糖体条带比减小，而两个核糖体峰和下位内标之间的基线信号增大（图1）。RNA完整值（RIN）这一指标，就是基于整体电泳图，将真核生物总RNA质量分类，并设定RIN数值范围为1-10，其中1代表降解最严重的情况，10代表最完整。通过这种方式，有助于解释电泳图，令样品之间的比较成为可能，并确保实验的重复性。更多详细信息参见安捷伦公司的应用简报，链接： https://wenku.baidu.com/view/90ab7b29370cba1aa8114431b90d6c85ed3a8887.html 。
动物样品胶图上可见目的条带为28S、18S、5S，植物样品为25S、18S、5S，昆虫、软体动物等是18S、5S，原核生物是23S、16S、5S。
所以不同物种的Agilent 2100 数据显示还是有一点点差别的，差别主要是25S、23S等的区别。
理想的电泳图可以展示以下要素信息：前区、5S区、快速区、中区、前体区、后区以及3个高耸的标准品峰、18S峰、28S峰。
目前安捷伦2100出的结果图如下：比较重要的指标我已经在图中注释了，看起来应该比较直观。
高通量测序对样品要求很高，但并不是要求样品不能有一点降解，一般轻微降解是符合上机要求的，比如在转录组测序中，样品RIN值具体标准如下：动物：RIN≧6.3；植物、真菌：RIN≧5.8，基线平整（软体等无28s物种）；当然，样品合格与否不仅取决于RIN值，还要结合其他指标综合判断。好了，今天RIN值就先介绍到这里，祝您在新的一周里收获多多！
RIN和DIN值是分别表示RNA和DNA完整性的数值。
确定RNA 起始材料的完整性是基因表达分析中的一个关键步骤。采用核糖体比率的总RNA样品质控分析变异系数大，且不能充分描述样品的完整性。为了将RNA 完整性解释过程标准化，安捷伦公司基于2100芯片式电泳平台推出了RNA 质量评估工具——RIN值，RIN值是基于1 至10 的编号系统，其中1 代表降解最严重，10 代表最完整。总RNA 样品的 RIN 表征基本上与仪器、样品浓度和操作者无关，从而允许跨不同实验室比较样品。
后来，安捷伦公司陆续基于4200预制胶电泳平台推出了RINe值、基于5200毛细管电泳平台推出了RQN值，均可用于评估RNA样本的完整性，且与RIN值有很好的一致性。
为了更直接地测定基因组DNA（gDNA） 完整性并将测定过程标准化，安捷伦公司基于4200预制胶电泳平台开发了一种软件算法。基于对大约 7000 个不同 gDNA 样品的分析，该算法能够提供对 gDNA 完整性的数值评估，这个数值被称为 DNA 完整值 (DIN)。DIN值范围从1 至10 ，其中1 代表降解最严重，10 代表最完整。
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