那么对于众多的肿瘤标志物，临床上如何选择呢？不同的肿瘤会一些相对特异的肿瘤标志物，如CA153常出现在乳腺癌；CEA常出现在肠癌、胃癌；CA19-9常出现在肠癌、胰腺癌；CA125常出现在卵巢癌等等。临床医生会根据不同的肿瘤检查不同的标志物。同一种肿瘤或不同类型的肿瘤可有一种或几种肿瘤标志物异常；同一种肿瘤标志物可在不同的肿瘤中出现。为提高肿瘤标志物的辅助诊断价值和确定何种标志物可作为治疗后的随访监测指标，可进行肿瘤标志物联合检测，合理选择几项灵敏度、特异性能互补的肿瘤标志物组成最佳组合，进行联合检测。一般来说肿瘤标志物的联合检测可提高对肿瘤诊断的正确率。如对于乳腺肿瘤可查CA153、CEA、CA50和SF；对于肺肿瘤可查CY211、CEA、NSE和CA50；对于肝肿瘤可查AFP、CEA、CA199和SF；对于上消化道肿瘤可查CEA、CA724、CA199、CA50和SF；对于肠道肿瘤可查CEA、CA242、CA724、CA199、CA50和SF；对某些单顶标志物如原发性肝癌AFP、卵巢癌CA125、前列腺癌PSA及甲状腺癌TG在肿瘤检查中也具有重要价值。
肿瘤标志物检查的临床意义？由于绝大多数肿瘤标志物可同时存在于恶性肿瘤及某些良性肿瘤、炎症、甚至正常组织中。所以，肿瘤标志物的特异性比较差，也就是说肿瘤标志物高不一定是肿瘤造成的；结果正常在某些情说下也不能完全排除肿瘤。比如病毒性肝炎、肝硬化时，AFP、CA19-9、CEA等肿瘤标志物都有可能升高。同样，如原发性肝癌AFP的阳性率仅达75%到90%，也就是说至少还有10%左右的原发性肝癌患者的AFP为阴性。因此，肿瘤的诊断不能单独依靠肿瘤标志物的检查。单次肿瘤标志物升高的临床意义并不大，只有动态的持续升高才有意义。如果体检中发现某个或某几个肿瘤标志物持续升高，那么应该提高警惕，但也不必过分担忧，需要进一步通过CT、B超、MR或最先进的PET/CT等手段检查，必时须通过病理检查才能明确诊断。如果肿瘤标志物只是单次轻度升高或每次检查的结果没有大的变化，就不必那么紧张了。总之，各种肿瘤标志物只能作为辅助诊断的指标之一，在没有明确诊断前，千万不要因为某项指标轻度升高就以为自己患了癌症，而应该提高警惕，做进一步检查和观察。但对于已确诊的肿瘤治疗后，那么肿瘤标志物检查的意义就非常大了，如肿瘤标志物的升高往往预示着肿瘤的复发或治疗效果不理想，可提示医生调整治疗方案。对大多数肿瘤标志物临床医师都认识较深入，但对甲状腺癌治疗后用甲状腺球蛋白（TG）作为其疗效及复发转移的重要性认识不足，应引起高度重视。
目前对肿瘤标志物检查结果认识上存在两大误区。误区之一是有肿瘤标志物异常就认为有恶性肿瘤。误区之二是肿瘤标志物正常就认为无恶性肿瘤。因为大多肿瘤标志物缺乏特异性，许多良恶性病变均可导致其异常，因此其升高不一定都是肿瘤。另外有些确诊为肿瘤患者其肿瘤标志物在正常范围，这可能与其产生肿瘤标志物水平较低或基因不表达有关。因此，对肿瘤标志物检查结果要正确分析，动态检测的临床意义更大。尽管临床上对高危人群体检中也能发现早期肿瘤患者，但肿瘤标志物的检查结果在诊断中只有辅助诊断价值，应结合临床及其他检查综合判断。而肿瘤标志物对肿瘤疗效评价及复发转移检查意义更大一些。
AFP甲胎蛋白：主要用于检测原发性肝癌CEA癌胚抗原：“广谱”肿瘤标志物，可提示结肠癌、直肠癌、胃癌、乳腺癌、肺癌等各种恶性肿瘤。
PSA前列腺特异性抗原：主要用于筛查前列腺癌，肾癌、膀胱癌也可能有所反应
Cyfra21-1细胞角蛋白19片段：应用于实体肿瘤，主要用于监测肺癌，包括肺鳞癌、肺腺癌和大细胞肺癌。膀胱癌、乳腺癌、肠癌、卵巢癌等也会有反应。
SCC鳞状上皮细胞癌相关抗原：检查鳞状细胞癌，如肺鳞癌、宫颈癌、鼻咽癌、食管鳞癌以及头颈部鳞癌等。
NSE神经元特异性烯醇化酶：用于小细胞肺癌和各类神经内分泌肿瘤。
CA19-9糖类抗原19-9：在胰腺癌、胆囊癌、结肠癌、肺癌和胃癌中常见升高。
CA125糖类抗原125：主要提示卵巢癌，乳腺癌、胰腺癌、肺癌、胃癌、直肠癌、其他妇科肿瘤等也有反应。
CA15-3糖类抗原15-3：常用于乳腺癌，肺癌、结肠癌、卵巢癌、肝癌等也有一定阳性率。
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