多数脓疱是经小伤口感染病菌引起，注射时消毒不严也可引起脓肿，也有经血液和淋巴转移而形成脓肿。皮下或肌肉内注射各种强刺激剂时，可发生非生物脓肿。另外，当机体缺乏维生素B2和维生素B12时，机体对化脓菌的抵抗力下降，是本病的诱因。
保守治疗肛周脓肿的治疗方法没有太多选择，治愈的方法只有手术，且越早越好。在条件不成熟或是身体条件不许可的情况下可以选择药物治疗，静脉或口服抗生素，局部外敷，但效果可能都不理想。
手术治疗
1、切开排脓，局麻下切开排脓，缓解症状，术后换药，这种手术方式多需要二次肛瘘手术，这种手术多应用于患者身体情况不许可或是暂时应急处理。优点是创口小，不需要住院，很快可以恢复行动和工作，缺点是需要二次手术，治疗周期长，治疗费用相对增加。
2、一次根治手术
经过长期的研究表明，只要不是血缘性的感染，尽量采取一次性肛周脓肿手术根治术，90%以上的肛周脓肿患者是可以一次性手术根治的，一次性手术治疗的优点有以下几个方面：一次手术比两侧手术痛苦小，疗程短，分次手术，通常需要三个月到半年后才能进行第二次手术，节约了医疗费用。
目前根治术一般有三种方法：第一个就是低位脓肿，直接切开引流，第二个就是高位的脓肿需切开引流加挂线治疗，挂线使括约肌被缓慢切开，两侧断端产生粘连、固定，很少发生回缩和移位。挂线还可起到引流作用作用，使分泌物和坏死组织液沿着挂线引流排出，从而保持引流畅通，防止发生感染。挂线的目的就是尽可能的保护肛门功能，近年来还有学者提出了高位脓肿的双向等压引流术式。
肛周脓肿严重与否决定于肛周病变程度。一般浅表性肛周脓肿主要表现为局部红肿热痛，和轻微全身感染中毒症状。一般病人体征比较明显，但是比较容易诊断和处理，不会造成很大伤害。深部脓肿主要是局部红肿热痛比较轻，但是全身中毒症状比较严重。我们可以采用肛舒熏蒸包治疗，复发率低
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