协和眼科目前拥有东单和西单两个诊区，眼科病房设在东单协和，共有床位49张。协和眼科设有眼底病、青光眼、角膜和屈光、神经眼科、葡萄膜炎、斜视和弱视、眼眶和整形、眼遗传、眼科流行病与防盲专业学组，还设有眼科实验室供临床和研究使用。现任科主任为钟勇教授、陈有信教授和张美芬教授，主任助理张顺华副教授。
协和眼科在各个专业领域内都有经验丰富的知名专家为来自全国各地的疑难眼病患者服务。随着2012年协和新门诊楼和新外科大楼的使用，配备了与世界一流眼科中心接轨的诊疗设备，协和眼科的诊疗环境大幅提升。目前协和眼科开设有普通门诊（东单和西单院区）、专科门诊、特需门诊和国际门诊，满足患者对医疗的多层次需求，年门诊量12万人次以上。协和眼科开展玻璃体视网膜手术、飞秒激光矫正近视手术、白内障摘除手术、有晶体眼人工晶体植入手术、斜视矫正术、眼整形手术等各类眼科手术，年手术量超过8000台。此外协和眼科还出色完成国家及国家卫生计生委的支边扶贫、援疆援藏、援非、援澳等医疗任务。
目前协和眼科在眼底病、青光眼、角膜屈光、神经眼科、葡萄膜炎等专业均为国内公认的优势专业：
眼底病学组：眼底病学组是眼科最早成立的专科之一，在眼底病诊治方面做了很多创新性工作，如糖尿病视网膜病变的诊治、眼底血管造影及激光治疗、视网膜移植、玻璃体切除手术等。目前的眼底病组是一个老中青相结合而又充满朝气的团队。眼底病专家如董方田、叶俊杰、陈有信、谭柯等经验丰富，年轻的眼底病医生如戴荣平、于伟泓等在临床和科研方面也有不俗的表现。。
青光眼学组：青光眼学组是眼科最早成立的专科之一。在胡铮教授、赵家良教授、李静贞教授等几代著名青光眼专家的引领下，协和青光眼团队在我国的各类型青光眼的流行病学研究、早期筛查、早期诊断、综合治疗等方面不断进行开创性、引领性工作，奠定了协和青光眼学组国内领先的学术地位。目前，青光眼专业组具有各项完善的国际先进的检查和治疗设备，建立了成熟的青光眼筛查、诊断、治疗及随访体系。在各型闭角型青光眼的诊治方面，形成了成熟的具有协和特色的筛查诊断标准、治疗策略和治疗方法，在国内处于领先水平。在各型开角型青光眼的诊治方面，建立了基于立体视神经照相的检查随访策略、诊断分级标准，完善了基于最新型激光治疗、新型非穿通微创手术、改良小梁切除手术、引流物植入术、新型抗青光眼药物治疗的整合性及个体化治疗体系。青光眼组具备各类型难治性青光眼的治疗经验，并开创了以微创内路滤过道再通术等新型技术为基础的挽救性治疗，重建失败滤过道的功能通路。
角膜病及屈光学组：协和屈光角膜专业组是我国最早开展准分子激光治疗屈光不正、巩膜激光(ACE)治疗老化的多项手术的单位。也是中华医学会眼科角膜病学组副组长单位和亚洲干眼学会、亚洲角膜病学会委员单位。专业组几十年一直重视梯队建设和人才培养，目前学组带头人为李莹教授，李莹教授是角膜病和屈光手术专家，博士生导师，中华医学会眼科角膜病学组副组长，龙琴副教授、罗岩副教授、王忠海医生也分别在角膜疾病和屈光手术方面具有丰富经验。协和眼科拥有国家批准的最早的眼库。是全国疑难角膜疾病会诊中心，拥有世界上最先进的近视激光手术设备，能开展各项屈光手术，包括全飞秒激光、飞秒激光辅助的LASIK（半飞秒）、LASIK、全激光Trans-PRK、LASEK、SBK、PRK、PTK等，可以为不同需求者进行个性设计；还开展眼内有晶体眼人工晶体植入高度近视手术，以及屈光手术后严重并发症的诊断与治疗。多年来培养了几十名硕士、博士研究生，并承担国家继续教育项目和负责全国准分子激光医技人员上岗培训工作，为国内多家近视治疗中心提供业务指导，深受同行及患者的信赖。本专业组为了更好地服务患者，各种激光近视手术随时加号检查，尽快预约手术；重症角膜炎、角膜溃疡可以直接到门诊加号。
神经眼科学组：神经眼科是一门多学科相关的交叉学科，学组最早由劳远琇教授在全国最先创立，现由钟勇教授全面主持。学组长期致力于神经眼科领域的基础及临床研究，对缺血性视神经病变、不同病因引起的视神经炎、鞍区病变的神经损害等疾病具有丰富的诊治经验，该专业组成为全国神经眼科疑难疾病的诊疗中心。
葡萄膜炎学组：葡萄膜炎学组成立于1983年，系国内最早成立的葡萄膜炎专科之一。经过30余年的积累，葡萄膜炎的临床诊疗及科研水平在国内位居前列，接诊大量全国各地转诊而来的重症疑难患者，尤其是原田小柳病、白塞病、儿童葡萄膜炎、各种感染性葡萄膜炎（如急性视网膜坏死、结核性葡萄膜炎）、原发性眼内淋巴瘤等。专业组注重团队建设，已建立了临床和科研能力兼优的人才梯队，在协和综合优势的平台上，高水平的完成葡萄膜炎的诊断及治疗。
眼肌屈光学组：主要针对眼斜视、弱视及屈光不正患者提供诊疗方案，除了对常见的斜、弱视患者的诊治外，学组还不断探讨复杂斜视、儿童弱视、屈光不正、甲状腺相关眼病等疑难疾患的发病机制及防治手段，尤其对重度甲状腺相关眼病的发病机理及防治方面有着较为深入的研究。多年来学组也致力于青少年近视的发生及发展机制的研究，以及各种预防措施的实施。协和眼科拥有经验丰富的眼光师可以提供医学验光，并配有配镜中心，提供各种类型的框架镜、角膜接触镜以及儿童角膜塑形镜。
眼整形学组：眼部整形美容专业关注于眼部的整形、美容手术，收费低、效果好、性价比全国最高，重睑手术不足千元。目前眼整形学组常规开展的项目包括：1、美容手术：双重睑手术（包括全切开、埋线和微创重睑手术），眼袋手术（包括内切口眼袋和外切口眼袋手术），内眦赘皮矫正（开眼角），外眦开大手术等；2、整形手术包括：上睑下垂、泪腺脱垂、眼睑内翻和外翻、眼部肿瘤切除术后整形、结膜囊成型、睑球粘连分离、甲状腺相关性眼病所致上睑、下睑退缩等；3、眼眶手术：眼眶骨折复位，甲亢突眼眶减压手术，眶内肿瘤等；4、泪道手术：结膜松驰、泪小点狭窄、泪道阻塞、慢性泪囊炎等疾病的手术治疗。
眼遗传及电生理学组：北京协和医院眼科视觉电生理与遗传学组是我国最早成立的眼科亚专科，目前国内领先。主要医疗和科研领域为遗传性眼病、先天眼部异常、累及眼病的全身综合征和疑难病。学组在国际上首次报道了多种视网膜变性的临床特征及中国特殊的基因突变普。
骨科：邱贵兴，男，中国工程院院士，北京协和医院外科学系主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：骨科疑难病、人工关节、脊柱侧弯、脊柱后凸、强直性脊柱炎矫形、脊柱肿瘤、脊柱结核、椎管狭窄、脊柱滑脱、颈椎病、腰椎间盘突出症、关节置换。
翁习生，男，北京协和医院骨科主任，主任医师、教授。
擅长治疗：各种骨科疾病的诊治，尤其是关节疾病及骨科疑难病例的治疗，对骨关节炎、类风湿性关节炎、股骨头坏死、血友病性关节炎、强直性脊柱炎、髋关节发育不良、骨质疏松症、骨肿瘤切除后的关节重建等有丰富的经验。
皮肤科：
孙秋宁，女，北京协和医院皮肤科主任，主任医师，教授。
擅长治疗：感染性皮肤病、结缔组织病、硬皮病、面部皮肤病、过敏性皮肤病及性病等。
苑勰，女，北京协和医院皮肤科主任医师，教授。
擅长治疗：各类硬皮病及相关的免疫性疾病。
耳鼻喉科：
倪道凤，女，北京协和医院耳鼻喉科主任医师，教授。
擅长治疗：各种耳聋、耳鸣、耳鼻部疑难疾病的诊断和治疗，包括先天性耳畸形的手术，各种中耳成形术，胆脂瘤切除同时行鼓室成形术，鼻内镜下鼻腔鼻窦手术，脑脊液耳鼻漏修补术，视神经减压术等鼻眼相关外科手术，耳鼻部肿瘤、前、中和侧颅底复杂解剖区域的疑难重症的手术等。
曹克利，男，北京协和医院耳鼻喉科主任医师，教授。
擅长治疗：以耳聋症为主的诊断、治疗和显微神经耳科手术，国内人工耳蜗手术权威。
肝脏外科：
黄洁夫，男，原卫生部副部长，北京协和医院肝脏外科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：腹部外科良恶性疾病，肝胆胰外科及疑难杂症的诊治。
毛一雷，男，北京协和医院刚脏外科主任医师，教授、博士生导师，中国医师协会肝脏外科医师委员会副主任委员，2014年被评为北京协和医院十大最佳外科教授。
擅长治疗：肝胆外科疾病，同时治疗腹部外科复杂、疑难病例。
消化内科：
钱家鸣，女，北京协和医院消化内科主任，主任医师、教授、博士研究生导师。
擅长治疗：炎症性肠病（溃疡性结肠炎、克隆恩病），胰腺癌，胰腺炎，肠易激综合症等疑难杂症。
陆星华，女，北京协和医院消化内科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：早期胃癌，胰胆疾病，炎症性肠病。
杨爱明，男， 北京协和医院消化内科副主任，主任医师、教授、硕士生导师。
擅长治疗：食管胃底静脉曲张，胃早期癌，胆石症，胰腺癌，慢性胰腺炎，胆管癌，ERCP,超声内镜，内镜下微创治疗。
基本外科：
赵玉沛，男，北京协和医院院长，北京协和医院基本外科主任医师、教授、博士生导师、中国科学院院士。
擅长治疗：基本外科各种疾病的诊治；擅长胰腺、胆道、胃肠、甲状腺疾病尤其是胰腺疾病的外科诊治。
廖泉，男，北京协和医院外科学系副主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：擅长胰腺、胆道、甲状腺疾病尤其是胰腺疾病的外科诊治。
张太平，男，北京协和医院基本外科副主任，主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：擅长胰腺、胆道、甲状腺疾病，尤其是胰腺疾病的外科诊治。
妇科：
郎景和，男，中国工程院院士，北京协和医院妇产科主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：子宫内膜异位症，生殖道畸形的诊治，妇科肿瘤，疑难妇科疾病的诊治。
潘凌亚，女，北京协和医院妇科主任医师，教授、博生生导师。
擅长治疗：妇科肿瘤的诊治和手术。
何方方，女，北京协和医院妇科主任医师，教授。
擅长治疗：妇科内分泌和不育症的治疗。
儿科：
宋红梅，女，北京协和医院儿科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：儿童疑难病的诊治，特别是小儿风湿免疫病、肾脏病、感染性疾病以及部分遗传性疾病。
魏珉，女，北京协和医院儿科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：小儿内科疾病，特别是肾脏病，风湿免疫病和糖原贮积症、肝豆状核变性、肾小管酸中毒、低磷抗D佝偻病等遗传代谢病。
鲍秀兰，女，北京协和医院儿科主任医师，教授。
擅长治疗：矮小儿童专科门诊、垂体侏儒症、新生儿行为测查及其应用、o—3岁早期教育和窒息儿、早产儿早期干预、脑瘫、新生儿行为神经测查、小儿发育和早期教育、小儿甲状腺疾病、垂体侏儒及其他原因引起的儿童矮小症、小儿癫痫、脑瘫、20项新生儿行为测定法(简称NBNA)、婴儿科学健身法、早期干预促进早产儿智力发育、新生儿神经行为测定。
神经内科：
崔丽英，女，北京协和医院神经内科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：运动神经元病、周围神经病、重症肌无力、肌病等神经系统疑难病症。
郭玉璞，男，北京协和医院神经科主任医师，教授。
擅长治疗：应用神经病理、肌病病理和周围神经病理诊断和治疗神经系统疾病。
吴立文，男，北京协和医院神经科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：癫痫及各种发作性疾患、难治性癫痫术前评估及术后随诊。
变态反应科：
尹佳，女，北京协和医院变态反应科主任，主任医师、教授。
擅长治疗：各种过敏性疾病疑难病症的诊治，尤其擅长过敏性哮喘、过敏性休克、食物过敏、花粉症合并食物过敏、药物过敏和荨麻疹的病因学诊断与治疗。
泌尿外科：
李汉忠，男，北京协和医院泌尿外科学科带头人，大外科负责人，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：肾上腺外科、泌尿男生殖系肿瘤、前列腺增生等疑难疾病诊治，尤其是嗜铬细胞瘤；擅长各种腹腔镜手术及机器人的腹腔镜手术。
李宏军，男，北京协和医院泌尿外科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：辅助生殖技术、男性不育症的诊治、慢性前列腺炎、阳痿、早泄与不射精症的治疗，尤其是男性更年期综合征的诊断与治疗。
重症医学科：
刘大为，男，北京协和医院重症医学科（ICU）主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：多器官功能障碍综合征（MODS）、严重感染和感染性休克、急性呼吸窘迫综合征（ARDS）、急性肾功能衰竭、急性出血坏死胰腺炎、严重创伤等多种危重病的治疗。
隆云，男，北京协和医院重症医学科（ICU）副主任，副主任医师、副教授。
擅长治疗：血流动力学，呼吸力学，重症病人的感染，血液净化治疗技术，重症病人的营养支持及重症病人镇静镇痛。
整形美容外科：
王晓军，女，北京协和医院整形美容外科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：擅长外耳再造；面部除皱；颌面部美容外科；腹壁会阴整形、吸脂隆胸等。
黄渭清，女，北京协和医院整形美容外科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：面瘫、除皱、眼、鼻、耳、颏整形、隆乳、垂乳及腹壁松弛整形、乳房再造；吸脂；唇腭裂，外阴整形；体表肿瘤斑痣，顽固疤痕、软组织扩张。
风湿免疫科：
张奉春，男，北京协和医院内科学系主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、脊柱关节病、系统性血管炎等各种风湿免疫病。
曾小锋，男，北京协和医院风湿免疫科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、脊柱关节病、系统性血管炎等各种风湿免疫病。
唐福林，男，北京协和医院风湿免疫科主任医师，教授、博士生导师，享受国务院特殊津贴。
擅长治疗：系统性红斑狼疮、干燥综合征、类风湿关节炎、脊柱关节病、系统性血管炎等各种风湿免疫病。
呼吸内科：
徐作军，男，北京协和医院呼吸内科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：呼吸系统疾病，重点为弥漫性间质性肺病、结节病、肺部感染等。
肾内科：
李雪梅，女，北京协和医院肾内科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：各种肾小球与肾小管间质疾病及慢性肾功能衰竭的诊断与治疗，对疑难危重急性肾衰有一定的诊治经验。
李明喜，男，北京协和医院内科副主任，主任医师、教授。
擅长治疗：各种急慢性肾脏疾病，尤其是对糖尿病肾病，血液透析及肾移植的内科问题等有较深的认识。
血液内科：
周道斌，男，北京协和医院血液内科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：血液系统肿瘤（白血病、骨髓瘤和淋巴瘤等），自体及异基因造血干细胞移植。
沈悌，男，北京协和医院血液科主任医师，教授、硕士生导师。
擅长治疗：血液系统肿瘤（白血病、淋巴瘤、骨髓瘤,骨髓增殖性疾病等）、自体造血干细胞移植和血液病相关的其他内科疑难病。
内分泌科：
向红丁，男，北京协和医院内分泌科主任医师，教授、博士生导师，北京协和医院糖尿病中心主任。
擅长治疗：内分泌和代谢性疾病。
邢小平，女，北京协和医院内分泌科主任，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：内分泌和代谢性疾病。
肖新华，男，北京协和医院内分泌科主任医师，教授、博士生导师。
擅长治疗：内分泌和代谢性疾病。
伍学焱，男，北京协和医院内分泌科垂体-性腺研究中心负责人，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：个矮、生长发育异常、性腺生殖内分泌、男性生殖内分泌。
眼科：
赵家良，男，北京协和医院眼科主任医师，教授。
擅长治疗：眼科疑难病症的诊治，尤其是青光眼的诊断与治疗。
张顺华，女，北京协和医院眼科副主任， 副主任医师、 副教授 。
擅长治疗：复杂白内障处理，青光眼的药物、激光和手术治疗。
李莹，女，北京协和医院眼科角膜、眼库、眼表、准分子激光近视手术专业组组长，主任医师、教授、博士生导师。
擅长治疗：屈光性近视手术(个性设计准分子激光近视矫正术、高度近视眼内有晶体眼晶体植入术）。各种屈光手术后并发症诊治，难治角膜病、结膜病，角膜移植手术、重症干眼等眼表疾病。
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