医院始建于1949年，现占地面积50000m2，建筑总面积107500 m2，医疗用房64826m2，编制床位1050张，年门诊量81万人次，出院病人4.5万余人次，各类手术1.8万余台次。医院现有职工1735人，其中副高职以上职称的专业技术人员127人，中级职称人员370人，博士、硕士研究生119人。
医院科室设置齐全，拥有临床科室29个，医技科室13个。妇产科是省临床特色学科；骨科、妇产科、血液内科、耳鼻喉头颈外科、心血管内科、普外科、儿科、眼科、神经外科、神经内科、急诊科是市级临床医学重点学科；呼吸内科、消化内科、心血管外科、泌尿科是市级临床医学特色学科。近几年，学科发展步入快车道，逐步形成以重点学科为特色的优势学科群，并带动相关学科和辅助科室迅速发展的良好局面。
医院坚持“科教兴院、人才强院”的人才战略，不断提高科技创新水平，努力打造结构合理、技术精湛的人才团队。医院既有一批知名度高、学术造诣深的老专家，又有一批业务能力强、颇有建树的中青年技术梯队骨干；既有享受国家津贴、省津贴的知名专家，又有一批专业技术拔尖人才和学科带头人。医院先后获省、市科技进步奖50余项，国家级专利两项。
医院医疗设备类别齐全，配置合理，技术先进,性能优异，均为九十年代以来产品，10万元以上设备237台（套），包括16排螺旋CT、0.5、1.5T超导核磁共振、1000mA数字化胃肠X光机、双板DR、大型平板C臂、ECT、直线加速器、全自动生化分析仪、高档彩超等设备，价值1.6亿元。
医院不断加强对外合作与交流，选派业务骨干赴省内外知名大医院进修、培训和参观交流，并与多家医院建立了横向协作关系。医院是北京阜外心血管病医院阜阳技术培训中心，是美国德克萨斯脊柱研究所中国安徽临床研究基地。医院远程会诊系统已与上海、北京、南京、合肥等会诊中心联网、在线医院80多家、著名专家1000余名，切实为广大患者提供优良的医疗服务。
医院切实履行公立医院公共服务职能，充分发挥三甲医院的功能和作用，高质量完成政府保健、社会公共卫生、急诊急救、重大伤亡救治、抗洪救灾、卫生下乡、援藏援外等各项医疗工作任务，积极参加社会公益活动。
医院全面加强完善医疗用房和院区美化、绿化、亮化建设，投入近亿元建设的17层2.6万平方米病房大楼于2007年10月投入使用。为加快阜阳医疗卫生事业的发展，完善与皖西北中心城市建设相适应的医疗服务功能，市政府已确定阜阳市人民医院城南新区医院一期建筑面积15.69万平方米，设病床1720张，二期建筑面积5.86万平方米，设床位912张。两期共设床位2632张，总投资6.2亿元。目前新区建设已在9月8日奠基并破土动工，各项工作已经有序进行。医院力求将新区医院建成设计新颖、布局合理、环境优美、功能配套、科室齐全、设备先进、技术一流、服务优质的现代化医院。
医院于2002年以来，先后荣获“全国厂务公开民主管理先进单位”、“安徽省卫生先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“安徽省文明单位”、“省人才工作先进单位”、“省厂务（事务）公开先进单位”、“安徽省巾帼建功先进集体”、“安徽省手足口病防治工作先进集体”、“全省援外医疗工作先进集体”、“中国医院信息化示范单位”、“安徽省医院信息化重点建设单位”等称号。
阜阳市第三人民医院（阜阳市精神卫生中心），核定床位1070张，现有职工450余人，其中高、中级职称200余人，年门诊量11万人次，年收治病人12000余人次，新院区一幢建筑面积3.3万平米的17层现代化综合病房大楼与老院区形成整体，软硬化建设已达到三级专科医院规模。已设立普通精神科、老年精神科、精神科重症监护病区（PICU）、物质依赖科、临床心理科及焦虑障碍（神经症）病区，为我院重点学科及优先发展学科。精神康复科 、中西医结合病区、睡眠障碍病区、儿童青少年病区、心身医学科及早期干预科为特色发展学科。临床科室还有神经内科、颅脑外科、普外科。另设有心理咨询治疗中心、自愿戒毒中心、无抽搐电休克治疗中心、康复中心、精神医学鉴定中心、精神医学研究所、心理卫生研究所及癫痫研究所等科室。同时由我院牵头成立了阜阳市癫痫协会。2017年我院作为安徽省精神卫生医疗质量控制中心副主委单位，为阜阳市精神卫生医疗质量控制中心挂靠单位。
市内乘坐6、7、21路公交车直接到达
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