2、移植失败：是造血干细胞移植最严重的早期并发症之一。由于移植物未能成功植入，造血重建失败，临床呈现患者全血象严重减低伴骨髓空虚或增生减低，感染、出血并发症重，处理困难，死亡率高。但随着移植技术的不断进步，目前移植失败的发生率已降低至5％以下，甚至更低。
3、移植物抗宿主病（GVHD）：是造血干细胞移植的主要并发症和死亡原因，它的发生与供受体之间的免疫遗传学差异有关。GVHD通常分为急性GVHD和慢性GVHD。急性GVHD主要累及皮肤、肠道和肝脏，临床表现为皮疹、腹泻、肝功损伤。慢性GVHD是一种类似自身免疫性疾病的全身性疾病，常累及多个器官。
干细胞在经过临床前动物实验、临床实验的过程中，各种毒性反应、遗传学影响、局部刺激、免疫反应等副作用都是严格考察的项目。不能保证说干细胞完全没有副作用，但研究人员会对疗效获益与副作用风险进行综合考评，来评价干细胞是否能用于该适应症。一般的原则是，在非严重疾病领域使用干细胞时，比如用于美容、运动损伤修复等，对干细胞副作用的要求就会非常严格，一般要求基本无副作用才能准许使用。而在严重致命疾病方面使用干细胞时，考虑到风险收益比较，一些轻微的副作用是不可避免的，但总体上病人肯定是获益的。流言：在一则新闻中，妹妹患了白血病需要进行骨髓移植，两位哥哥都配型成功，然而后来两人却因担心骨髓移植会影响自己的身体健康，放弃了给妹妹捐献骨髓。骨髓移植会影响身体健康吗？真相：白血病又称血癌，是一类造血干细胞的恶性克隆性疾病，骨髓移植是其终极解决方案。对于成年人来说，造血干细胞主要存在于骨髓内，所以20世纪90年代以前，骨髓移植需要用针穿刺，从捐献者体内抽取一部分骨髓。但随着技术的进步，现在人们开始A外周血中筛选造血干细胞进行移植，使骨髓移植变得简单易行，风险大为降低。
对于捐献者来说，骨髓移植主要有打“动员针”和抽血两个环节。抽血大家都经历过，对人体基本没有危害。“动员针”的主要成分是重组人粒细胞集落刺激因子。这种物质本来就存在于人体内，对维持正常的造血功能有着重要意义。打“动员针”后的短期不良反应包括低热、乏力、肌肉酸痛等，一般不需要特殊治疗，停药后就会自行缓解、消退。
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