为了扩大医院服务范围，更为广州市海珠区及南海、番禺、顺德、中山等一带提供医疗方便，中山二院于2000年3月在海珠区瑞宝兴建一所现代化综合性三级甲等医院，命名为“中山大学附属第二医院南院”（简称中山二院南院）。
南院为中山二院的延伸部分，其建院目标是：将南院创办成为以“肝胆外科”为特色的综合性医院。南院与总院为统一整体，资源共享；医疗技术队伍由本院派出的优秀专家和技术骨干组成。
南院于2002年1月正式开业，位于广州市海珠区东晓南路与盈丰路交界处，占地7000平方米，建筑面积26000平方米，另有4000平方米的大型停车场。医院大楼分前后二座，前座为综合门诊部，急诊室和综合内科、妇科肿瘤和妇科内分泌以及小儿外科住院部；后座为普通外科住院部，总病床超过300余张。门急诊开设有：急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、皮肤科、中医科、神经内科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、康复科以及相关的辅助科室，即：手术室、检验科、放射科、B超室、心电图、血库、中心注射室、挂号收费处和中、西药房等。各专科常规医疗设备配置齐全，完全满足临床常规检查的需要。
南院医疗业务运行由本院统一协调。南院门诊实行周一至周日全周开诊，急诊24小时倒班，配置救护车；中山二院总院定期派出副教授以上的专家到南院坐诊、查房、会诊；医院总部——南院之间开设往返巴士，如果在南院就医的患者遇到一些特殊检查须到中山二院总院检查，将由医院安排专车接送到院总部接受检查。因此在南院就诊将会享受到全方位的优质便利服务。南院建设和装修广州一流，将以崭新的风藐为您提供全新的、现代化的、一流水平的医疗服务。中山二院南院全体医护人员向社会承诺：医术精湛、服务满意、收费合理。
中山大学附属第二医院,原名中山医科大学孙逸仙纪念医院,是一所历史悠久、具有光荣革命传统的大型综合性医院。它诞生于1835年，由美国传教士伯驾（Dr.ParKer）先生创办，是近代中国成立最早、延续时间最长的西医院；1886年，伟大的革命先行者孙中山先生以“逸仙”之名在此学医和从事革命活动，遂成为中国民主革命策源地之一。2001年10月，原中山大学与中山医科大学合并组建新中山大学，医院更名为中山大学附属第二医院（简称中山二院），分南北两个院区，院本部位于广州市沿江西路107号，占地面积32150平米。
在这片中国西方医学的发源地，谢志光、陈心陶、陈耀真、周寿恺、毛文书、秦光煜、林树模、钟世藩等一大批勇于创新、默默耕耘的著名医学家和医学教育家，谱写了辉煌的历史篇章：中国首例膀胱取石术，首例病理解剖术，首例眼疾手术，首张医学X光片，第一个医学留学生和第一个女医学生，第一本医学杂志等，都在这里诞生。
历经172个春秋，医院已经建设和发展成为一所学科门类齐全、医疗设备先进、技术力量雄厚的大型综合性教学医院。拥有MRI、CT、ECT、DSA、彩色多普勒超声 仪、碎石机、骨密度仪、自动化分析仪、直线加速器、热疗隐形超声刀、高压氧等一大批现代化设备，下设内科（心血管、内分泌、消化、呼吸、血液、泌尿、风湿）、外科（普外、泌尿外、心胸外、骨外、神经外、烧伤整形外、小儿外）、妇产科（生殖内分泌、肿瘤、围产）、儿科（血液、新生儿、呼吸）、耳鼻喉科（耳、鼻、喉）、口腔科（颌面外、修复、口内）、眼科、皮肤科、中医科、急诊科、综合科、监护科（ICU、CCU）、神经内科、康复科、肿瘤科、麻醉科、放射科（放射影像、放射介入）、检验科、超声科、核医学科、病理科、输血科、药剂科、预防保健科、手术室、供应室、医学研究中心、博济医疗中心等数十个临床和辅助科室。其中一级专业科室16个，二级专业科室27个，医技科室12个，拥有博士后流动站和博士授予点12个，硕士授予点27个，其中内分泌内科、妇产科、儿科、耳鼻喉科、泌尿外科、口腔科为广东省教育厅重点学科，心血管内科、普通外科、骨外科、口腔科、耳鼻喉科为医院重点专科。
1949年医院展开床位仅195张，日门诊量不足220人次，1958年床位增至500多张，日均门诊量1500人次以上；1984年医院职工1000多人，其中教授7人、副教授28人；2005年全院职工1332人，其中教授49人，副教授135人，设有博士后流动站、博士点11个，博士导师19人，硕士点27个，硕士导师100多人。2006年，全院开放床位1380张，年门急诊量130多万人次，年出院病人3万多人次。南院区（广州市海珠区盈丰路33号）于2002年开业，全力创办以普通外科为特色的大专科、小综合院区，打造华南地区肝胆外科特色品牌。
近几年，医院学科建设水平不断提升。2002年，小儿血液科中国第一株人胚胎造血干细胞系建系成功；普外科宋尔卫博士与哈佛大学医学科学家合作 ，应用RNA干预抑制病毒感染的研究论文发表于2002年7月《自然·医学》 （Nature Medicine）杂志，并被美国《科学》杂志评选为“2003年度世界十大 科技进展”代表性成果；消化内科《自主免疫状态下乙肝病毒变异的规律》课 题参与国家973计划；小儿血液科《造血干细胞移植的基础与临床应用系列研 究》、内分泌内科《关于瘦素的系列研究》分别获2003年教育部科技成果一等 奖、二等奖；2004年度儿科《提高儿童脐血造血干细胞移植的实验与临床研究》 、妇产科《保存卵巢功能的临床和实验研究》、内分泌内科《糖尿病足的预警和综合防治研究》分别获取卫生部临床重点项目。
多年来，医院为现代医学在中国的发展做出了重要贡献，获得了一系列荣誉：连续被评为“广东省文明医院”、“全国卫生系统先进集体”、“广东省白求恩式先进集体”,2003年获全国、省、市三级抗非模范（先进）单位。医院秉承南北院区共同发展的原则，以学科群为主体重新布局，实现一个医院、两个院区、各具特色，统一品牌管理，将优良传统和文化在两个院区发扬光大，实现成为一所国内知名、国际有一定影响的强大的现代化综合性教学医院的战略目标。
周边公交：（南方大厦站）旅游2线 夜1 夜31
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