全国眼科医院排名前五的是首都医科大学附属北京同仁医院、中山大学中山眼科中心、复旦大学附属耳鼻喉科医院、北京大学第三医院。
1、首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属北京同仁医院(以下简称“同仁医院”)始建于1886年，是一所以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院。“同仁”商标是国家商标局认定的国内首家医疗服务业驰名商标。医院眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科。
2、中山大学中山眼科中心
中山眼科中心是我国学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、诊疗设备先进、科研实力强大、国内领先、国际知名的眼科中心，连续七年位列中国医院最佳专科声誉排行榜眼科第一，连续三届中国医院科技影响力排行榜第一。
3、复旦大学附属耳鼻喉科医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院坐落于徐汇区汾阳路83号，创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科医院。至今医院仍是全国范围内唯一一所集眼科和耳鼻喉科医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院；亦为国家临床药物实验机构、上海市红十字冠名医院。
4、北京大学人民医院
北京大学人民医院创建于1918年，是中国人自行筹资建设和管理的第一家综合性西医医院，最初命名为“北京中央医院”，中国现代医学先驱伍连德博士任首任院长。 北京大学人民医院的发展历程，是中国医学进步的见证。
5、北京大学第三医院
北京大学第三医院（简称“北医三院”）始建于1958年，是国家卫生计生委委管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“国家级青年文明号”荣誉称号。
根据复旦2019版医院排行榜以下医院在眼科方面排名靠前中山大学中山眼科中心
首都医科大学附属北京同仁医院
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
温州医科大学附属眼视光医院（浙江 省眼科医院）
浙江大学医学院附属第二医院
天津市眼科医院
北京大学人民医院
中国医学科学院北京协和医院
上海市第一人民医院
山东省眼科硏究所青岛眼科医院
北京大学第三医院
四川大学华西医院
上海交通大学医学院附属第九人民医院
重庆医科大学附属第一医院
厦门大学附属厦门眼科中心
陆军军医大学第三附属医院
河南省人民医院
华中科技大学同济医学院附属协和医院
天津医科大学眼科医院
中国人民解放军总医院
郑州大学第一附属医院
汕头大学香港中文大学联合汕头国际眼科中心
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