中山大学附属第一医院 综合实力最强，病理科、耳鼻喉科、妇产科、内分泌科、普通外科、神经内科、肾脏病科、消化病科、康复医学、超声医学、重症医学、临床药学、生殖医学、变态反应科等14个专科排名全国前列，是综合性区域医疗中心。其他著名三甲医院也有一流的特色学科群，如 广州医科大学附属第一医院 的呼吸科、胸外科、变态反应科，广东省人民医院 的心血管病科、心外科、放射科、老年医学、神经外科、急诊医学、眼科，中山大学孙逸仙纪念医院泌尿外科、乳腺外科，中山大学附属第三医院 的风湿免疫科、肝脏病科、儿童发育行为科，中山大学肿瘤防治中心的肿瘤科、胸外科，中山大学附属口腔医院（光华口腔医院） 的口腔医学学科群，中山大学中山眼科中心的眼科，南方医科大学南方医院 的病理科、传染感染科、肾脏病科、消化病科、整形外科、血液科等，广州市妇女儿童医疗中心的小儿内科、小儿外科等。
国家医学中心&国家区域医疗中心
国家呼吸医学中心：
广州医科大学附属第一医院
国家综合类区域医疗中心：
中山大学附属第一医院
国家专科类区域医疗中心：
南方医科大学南方医院（国家创伤区域医疗中心）
广东省人民医院（国家心血管区域医疗中心）
中山大学附属第三医院（国家神经区域医疗中心）
中山大学肿瘤防治中心（国家肿瘤区域医疗中心）
中山大学附属口腔医院（国家口腔区域医疗中心）
广州市妇女儿童医疗中心（国家儿童区域医疗中心）
国家区域中医（专科）诊疗中心建设项目：
广东省中医院（肺病科、急诊科、脑病科、皮肤科、肾病科、外科）；
广州中医药大学第一附属医院（妇科、内分泌科、脾胃病科、心血管科、针灸科、肿瘤科）
广东省第二中医院（康复科）；
广东省人民医院（老年病科）；
南方医科大学南方医院（风湿病科）；
遴选进入广东省高水平医院第一、二批建设的广州市医院有：
中山大学附属第一医院、
南方医科大学南方医院、
广东省人民医院、
广州医科大学附属第一医院、
广东省中医院、
中山大学孙逸仙纪念医院、
中山大学附属第三医院、
中山大学中山眼科中心、
中山大学肿瘤防治中心、
中山大学附属口腔医院、
广州中医药大学第一附属医院、
广州市第一人民医院、
广州市妇女儿童医疗中心。
如果按照复旦大学医院管理研究所版本的全国医院排行榜，则综合三甲医院（不含中医院）排名全国前100的医院有：
全国排名 医院名称
6 中山大学附属第一医院
20 南方医科大学南方医院
30 中山大学肿瘤防治中心
31 广东省人民医院
33 广州医科大学附属第一医院
48 中山大学孙逸仙纪念医院
53 中山大学附属第三医院
59 中山大学中山眼科中心
63 广州市妇女儿童医疗中心
中山大学附属第一医院中山大学附属第三医院
中山大学肿瘤医院
中山大学眼科中心
广州中医药大学第一附属医院
广州中医药大学第二附属医院广东省中医院
暨南大学医学院第一附属医院广州华侨医院
广东省人民医院广东省精神卫生研究所
广东省妇幼保健院广州医学院附属广东省妇儿医院
广州医学院第一附属医院(原广州市工人医院)
广州医学院第二附属医院
广州医学院附属广州市第一人民医院
广州医学院附属市第二人民医院
广州市中医院
广州市妇婴医院广州医学院附属妇婴医院
广州医学院附属儿童医院
广州市红十字会医院暨南大学医学院第四附属医院
广州市胸科医院
广州市民政局精神病医院广州市脑科医院
广州铁路中心医院
江门市中心医院
五邑中医院(原江门市中医院)
韶关市粤北人民医院(原韶关地区人民医院)
惠州市中心人民医院
梅州市人民医院梅州市黄塘医院
汕头大学医学院第一附属医院
汕头市中心医院
北京大学深圳医院(原深圳市中心医院)
深圳市人民医院暨南大学医学院第二附属医院
深圳市急救中心深圳市第二人民医院
广州中医药大学深圳附属医院深圳市中医院
广东三九脑科医院(民营)
珠海市人民医院暨南大学医学院第三附属医院
广州中医药大学第二附属医院珠海医院
珠海市妇幼保健院
佛山市第一人民医院
佛山市中医院
佛山市南海区人民医院
肇庆市第一人民医院
广东医学院附属医院
广东省农垦中心医院
中山市人民医院
中山市中医院
清远市人民医院暨南大学医学院第五附属医院
东莞市人民医院
东莞市中医院
阳江市人民医院
茂名市人民医院
茂名市中医院
电白县人民医院
中国人民解放军第一军医大学南方医院
中国人民解放军第一军医大学珠江医院
广州军区广州总医院
中国人民武装***部队广东省总队医院
中国人民解放军广州军区一五七中心医院
中国人民解放军第四二一医院
中国人民解放军第四五八医院(空军广州中心医院)
中国人民解放军第一七三医院
中国人民解放军第四二二医院
中国人民解放军第一九六医院
中山大学附属第一医院越秀区*
中山大学中山医学院
1910年
中山大学附属第二医院(孙逸仙纪念医院)
越秀区
中山大学中山医学院
1835年
中山大学附属第三医院
天河区
中山大学中山医学院
1971年
中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院）
越秀区*
中山大学中山医学院
1964年
中山大学眼科中心
越秀区*
中山大学中山医学院
1953年
南方医科大学附属南方医院(原第一军医大学第一附属医院)
白云区
南方医科大学*
1941年
南方医科大学附属珠江医院(原第一军医大学第二附属医院)
海珠区
南方医科大学*
1947年
广州中医药大学第一附属医院
白云区
广州中医药大学
1964年
广州中医药大学第二附属医院（广东省中医院）
越秀区
广州中医药大学
1933年
广东省第二中医院
越秀区
广州中医药大学(非直属)
1993年
暨南大学医学院第一附属医院（广州华侨医院）
天河区
暨南大学医学院
1981年
广东省人民医院（广东省精神卫生研究所）
越秀区*
无
1946年
广东省妇幼保健院（广州医学院附属广东省妇儿医院）
越秀区
广州医学院(非直属)
1944年
广州医学院第一附属医院（原广州市工人医院）
越秀区
广州医学院
1903年
广州医学院第二附属医院
海珠区
广州医学院
1982年
广州医学院附属广州市第一人民医院
越秀区
广州医学院(非直属)
1899年
广州医学院第三附属医院 (广州市第二人民医院)
荔湾区
广州医学院
1899年
广州医学院第四附属医院
番禺区
广州医学院
2011年
广州市第十二人民医院
天河区
无
1980年代
广州市中医院
荔湾区
广州中医药大学(非直属)
1946年
广州市妇婴医院（广州医学院附属妇婴医院）
荔湾区
广州医学院(非直属)
1946年
广州医学院附属儿童医院
越秀区
广州医学院(非直属)
1928年
广州市红十字会医院（暨南大学医学院第四附属医院）
海珠区
暨南大学医学院
1904年
广州市胸科医院
白云区
无
1953年
广州市精神病医院（广州市脑科医院）
荔湾区*
广州医学院
1898年
广东药学院附属第一医院 (原广州铁路中心医院)
越秀区*
广东药学院
1950年
广东三九脑科医院*
白云区
无
1994年
广州军区广州总医院
越秀区
军区、部队属
1933年
武警广东总队医院
天河区
军区、部队属
1965年
中国人民解放军广州军区一五七中心医院
白云区
军区、部队属
1937年
中国人民解放军第四二一医院
海珠区
军区、部队属
1901年
中国人民解放军第四五八医院
越秀区*
军区、部队属
1950年
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