发生乱根病两个原因：
一是杂菌侵入天麻乱根。
霉菌（杂菌） 症状：主要在蜜环菌材和天麻块茎上发生。在菌材或天麻表面呈片状或点状分布，部分发粘并有霉菌味。菌丝白色或其他颜色，影响蜜环菌生长，破坏了天麻营养供给。
病原：有木霉，根霉，青霉，黄霉，绿霉，毛霉等。
发病规律：霉菌（杂菌）栖居土壤等环境中，易感菌材和天麻块茎。
防治方法：1、杂菌喜腐生生活，应选用新鲜木材培育菌材，尽可能缩短培养时间。2、种天麻的培养土要填实，不留空隙，保持适宜温度、湿度，可减少霉菌发生。3、加大蜜环菌用量，形成蜜环菌生长优势，抑制杂菌生长。4、小畦种植，有利蜜环菌和天麻生长，如感染霉菌损失较小。
二是生长期雨水过多使天麻烂根（块茎腐烂病）
症状：主要危害天麻块茎，染病块茎皮部萎黄、中心腐烂、有异臭，有的块茎内充满了黄白色或棕红色蜜环菌索。染病块茎有的呈现紫褐色，有的手捏之后渗出白色浆状浓液。
病原：黑腐病多为镰刀菌属一种真菌：褐腐病为葡萄孢菌属一种真菌。
发病规律：天麻窖内湿度过高过低、透气不良，有利于病害发生而不利于天麻生长。
防治方法：选地势较高，不积水，土壤疏松，透气性好的地方种植天麻；加强窖场管理，做好防旱、防涝，保持窖内湿度稳定，提供蜜环菌生长的最佳条件，以抑制杂菌生长选择完整、无破伤、色鲜的初生块茎作种源，采挖和运输时不要碰伤和日晒；用干净、无杂菌的腐殖质土、树叶、锯屑等做培养料、并填满、填实、不留空隙。
选择排水良好的地栽天麻。菌材无杂菌感染，菌材间隙要填好。经常注意排水。
2、蛴螬（金龟子幼虫的总称） 学名：铜绿金龟
幼虫咬断茎秆或咀食天麻根，造成断茎和根部空洞，并在菌材上蛀洞越冬，毁坏菌材。
发生规律：铜绿金龟1年发生1代，幼虫越冬。越冬幼虫3、4月份开始为害，5-6月份化蛹，成虫发生在5-8月份，有趋光性，7-9月幼虫为害旺盛，10月以3龄幼虫越冬。
防治方法：1、设置黑光灯诱杀成虫。
2、栽种天麻和天麻收获时，捕杀幼虫。
3、蝼蛄
成虫和若虫危害天麻茎和在地下作隧道，被害天麻断面处呈麻丝状。
防治方法：上述两种病害用灯光诱杀成虫，或用90%敌百虫1000倍或75%辛硫磷乳油700倍液浇灌。毒饵诱杀，用0.025千克氯丹乳油拌炒香的麦麸5千克加适量水配成毒饵，于傍晚撒于田间或畦面诱杀。
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