卵巢囊肿太大就必须用传统剖腹手术予以切除。手术是在全身麻醉的情况下，在腹部开孔进行的。囊肿切除之后立刻在手术室里进行冷冻切片显微化验，以确定囊肿是属良性或恶性。若属良性，将去除囊肿后的卵巢缝合好，也就大功告成。若属恶性，就须进一步将卵巢甚至子宫切除。
当前医学水平还没有治疗肾囊肿的特效方法。对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。无症状者应经常进行尿液检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年进行一次肾功能检查，包括内生肌酐清除率。由于感染是该病恶化的重要原因，所以若非十分必要，不要进行尿路创伤性检查。肾囊肿穿刺作用不大，不仅易于感染，易于复发，而且经过长期观察，该术也不能延缓肾功能损坏的发生。手术切除囊肿也不是一件容易的事，因为肾表面的囊肿可以切掉，但要切掉埋在肾脏深部的囊肿就相当困难。肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，边缘用肠线与肾实质连续缝合，残留囊壁涂以碘酊。一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。特殊治疗
1）当排泄性尿路造影，肾断层X线摄影术，超声影象及CT仍未能做出最一诊断，可选择作血管造影，而经皮囊肿穿刺抽吸则作为下一步诊断手段，这既可在X线荧光屏监视下也可在超声影象监测下进行。发现清亮的囊液是令人鼓舞的征象，但抽吸液仍应做细胞学检查。还应测定其脂肪含量，脂肪含量增高则符合肿瘤的诊断。随后将囊液充分引流，并代这以造影剂。接着在不同体位下摄片，以显示囊壁光滑度，有无赘生物存在。抽出造影剂前，将3ml碘酯脂注入囊腔内，这将减少液体再积聚引起的改变。Bean
1981年介绍了将95%酒精注入空囊内，用这种方法，他在29例患者中只发现1例复发。若只单纯将囊肿抽空，则约大部分会复发。若抽吸液为血性，可考虑手术探查，因此时病变严重，甚至已发生癌变。
2）如明确诊断，可考虑保留囊肿，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。
3）当诊断仍有疑问时，可考虑手术探查。Ambrose等1971年在大多数已确诊为囊肿时，仍宁愿手术探查。在他们所行55例手术中。5例被证实已有癌变，占9%。通常只将囊肿的肾外部分切除。若肾脏严重受损时，肾切除也是适应症，但这很少见。
不要担心囊肿是一种良性疾病，它可以长在人体表面，也可以长在内脏里。囊肿就是长在体内某一脏器、囊状的良性包块，其内容物的性质是液态的。一般来说，常见的囊肿有“肾囊肿”、“肝囊肿”、“单纯性的卵巢囊肿”和“巧克力囊肿”。肾囊肿又分为单纯的孤立性肾囊肿和多囊肾。巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，也就是说，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。目前，对囊肿的治疗方法，主要有三种：一、是传统的开刀切囊肿的方法，也就是对囊肿开窗引流治疗或剥离治疗。这种方法，切口长，流血多、创伤重、花费多，而且易复发。二、是腹腔镜下切囊肿，虽然只是打个孔，创伤也比开刀小得多，但还是要住院，费用也不算少。这是不得已而为之的办法。三、种办法以针代刀，神奇而不是神话。这门技术用途比较广泛，如超声介入技术在遗传学领域的运用、可以在B超直视下取宫内胎儿脐带血、取羊水、取胚胎绒毛标本。大家知道胎儿脐带口径很小只有6—8mm，在超声引导下可以刺中，对几厘米和十几厘米大小的囊肿，可以使穿刺命中成功率达100％。自从这门技术问世后，许多患多囊肝、多囊肾等容易复发的遗传性囊肿疾病患者，都躲避了开刀剖腹之苦。①传统的剖腹手术切囊肿或者开窗引流治疗和囊肿剥离治疗，最令人忧心忡忡的是复发率高，如多囊肾是一种遗传病，病根在基因位置上，固无法用开刀解决问题。所以复发率高达60％以上。②又因为囊壁细胞的共同特点是排列一层层柱状细胞。这种柱状细胞生长旺盛，分泌功能极强，开刀很难铲除干净。只要留下一点点细胞，就会象种子一样发芽，囊肿就这么复发了。③而超声介入治疗这门崭新的技术，就是弥补了传统开刀切囊肿的缺点。有经验的医生可在B超图像引导下，准确无误地瞄准囊肿目标。用细针刺入囊肿，吸掉囊内液体，注入囊壁硬化药物，破坏分泌旺盛的柱状细胞，从而达到阻止囊肿复发的目的。
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