在很长的潜伏期中，感染者虽然没有自觉症状，外表一如常人，但全身免疫系统仍在继续受到艾滋病病毒的破坏，到免疫系统功能再也不能维持最低的防御能力时，多种对正常人不会引起疾病的病原微生物便会使患者发生条件性感染，引起脑、肺、胃肠道和其他部位的病变及症状。一些恶性肿瘤也因患者抵抗力极度低下而产生。艾滋病人的症状因为发生条件性感染的内脏和发生肿瘤的部位不同，表现为多种多样。常见的症状有以下几个方面：
1、一般性症状:持续发烧、虚弱、盗汗、全身浅表淋巴结肿大，体重下降在三个月之内可达10%以上，最多可降低40%，病人消瘦特别明显。
2、呼吸道症状:长期咳嗽、胸痛、呼吸困难、严重时痰中带血。
3、消化道症状:食欲下降、厌食、恶心、呕吐、腹泻、严重时可便血。通常用于治疗消化道感染的药物对这种腹泻无效。
4、神经系统症状:头晕、头痛、反应迟钝、智力减退、精神异常、抽风、偏瘫、痴呆等。
5、皮肤和粘膜损害:弥漫性丘疹、带状疱疹、口腔和咽部粘膜炎症及溃烂。
6、肿瘤:可出现多种恶性肿瘤，位于体表的卡波希氏肉瘤可见红色或紫红色的斑疹、丘疹和浸润性肿块。所以，艾滋病的症状是非常复杂的。
人体感染HIV后到发展为艾滋病，可以分为4个临床期，但不是每个感染HIV的人都一定出现4个临床期。部分人（60%-70%）感染HIV的初期尚未出现症状，即无症状携带者，月25%-30%在3-5年内，表现为艾滋病相关综合征（ARC），以后约10%-25%再发展为典型的艾滋病，大概在10年内，50%-75%将发展为艾滋病。
急性感染期多发生于感染后2-6周，主要表现为流感样症状，发热、头痛、肌关节痛、咽痛、皮疹、全身淋巴结肿大，有的像单核细胞增多征。有10%出现脑膜炎症状，脑脊液中单核细胞增多，蛋白质中度增多。有的病人此期症状轻微，常易忽略。一般持续3-14天，然后大部分病人进入无症状期，而部分病人则持续发热，淋巴结肿大，消瘦。此时一般血象正常，或血细胞轻度增高，淋巴细胞减少，血液中可HIV抗原，但出现血清HIV抗体阳性时间延迟，一般为输血感染后2-8周，性交感染后2-3个月。
艾滋病相关综合征（AIDS-related complex,ARC），有的称为持续性泛发性淋巴结病，本期实际属于艾滋病的前期或早期，已出现艾滋病的基本特征但症状较轻。主要表现为全身浅表淋巴结肿大，多见于头颈部淋巴结、胸腺乳突肌后缘淋巴结，一般至少有2处，可有胀痛或压迫神经痛。50%的病人出现低热、盗汗、消瘦、腹泻，酷似结核病，或有瘙痒性皮疹，消瘦不能以发热或营养不良解释，1/3的病人的体重减轻在10%以上。有的病人出现神经紊乱、头痛、抑郁或焦虑。3/4的病人脾肿大，出现不名原因的贫血，白细胞血小板减少，T4细胞数<400/mm3,T4/T8<1, HIV抗体阳性，部分患者经常或反复出现条件性感染，如脚癣、念珠菌感染、湿疹、疱疹等，虽然不很严重，但常使病人感到痛苦。
典型的艾滋病（full blown AIDS）主要表现为获得性免役缺陷所引起的条件性感染（或称机会性感染）、恶性病变和多系统损害。条件性感染常见的有：
（1）卡氏肺囊虫肺炎（pnenmocystsis carinii pneumonia,PCP) 50%-60%的病人并发此病。卡氏肺囊虫广泛分布于自然界，通过空气和飞沫传播，正常人因有抵抗力，感染后不构成威胁，但对有免疫缺陷的的艾滋病病人确是主要的病死原因。卡氏肺囊虫肺寄生于肺泡及小支气管，阻碍气体交换，出现呼吸困难、咳嗽、发热、紫绀。诊断主要依据肺部X线检查、痰和免役学检测。在寄生虫感染中，出PCP外还有弓浆虫病（toxoplasmesis)。艾滋病妇女感染此虫后可胎传给胎儿，引起流产、死产或胎儿的脑月眼的损害、小脑畸形和视网膜炎等；成年人感染后则出现脑膜炎、癫痫等。隐孢子虫病也是艾滋病发生肠道感染的常见病之一，引起严重的霍乱样水泻便、每日5-10次不等。
（2）真菌性感染 其中以口、咽、肠道的白色念球菌常见，但比一般念球菌感染较重，出现口咽白膜，剥脱后灼痛，流涎，吞咽困难，腹泻大便呈绿色或黏液便。此外还有肥、脑的隐球菌病，肺部曲菌病，组织胞菌病（histoplasmosis)。
（3）细菌性感染 最常见的是肺结核，其次是淋巴结核、肠结核。因治疗效果欠佳，易早期死亡。与结核类似的鸟结合分支杆菌感染，症状与结核类似，因对常用抗菌药有耐药性，也常导致艾滋病病人死亡。
（4）病毒性感染 常见的有疱疹病毒感染，单纯疱疹病毒多发生在口外、生殖器、肛门，水疱较多，炎症反应较重，常致坏死、溃疡、剧痛，持续时间长。艾滋病并发带状疱疹者不少，HIV感染者出现带状疱疹则常是艾滋病发病的预兆。疱疹多发生在肋间神经及三叉神经部位，距痛，常溃烂或出血坏死，或呈水疱样。由痘病毒引起的传染性软疣亦不少见，多发生在外阴，腋下部位。还有乳头瘤空泡病毒所致的寻常疣、尖锐湿疣。并发肝炎病毒感染的发生率可高达76%-95%，巨细胞病毒感染亦常见，表现为肝炎、肺炎或视网膜炎。 恶性病变 卡波西肉瘤（kaposis sarcoma,KS)又称多发性出血性肉瘤，并发率在20%-40%，多见于同性恋或异性恋的男性艾滋病病人，与经典饿KS不同之处是多发生在上半身，面（鼻梁、耳后）、口腔、咽、阴茎等处，表现为小的斑丘疹到大的结节、浸润性斑块，褐红、紫红到蓝紫色。开始出现时因皮疹不典型易被误认为皮下出血、痣或血管瘤，继续扩展后常色泽加深或深紫色周围有少许水肿。单个结节常成椭圆形，在躯干的皮疹常沿皮纹分布，像玫瑰糠疹或类似二期梅毒。一般不痛，很少出血，后期结节可融合成溃破。多数病人（70%）内脏也被累及，最常见为胃肠道、淋巴结、其次为肺。胃肠道KS多无症状，亦很少出血。淋巴结肿大可引起淋巴回流障碍所致的水肿（阴囊），肺部病变用X线检查难与肺部感染区别。
非何杰金淋巴瘤 95%发生与淋巴组织外。骨髓受累则发热、贫血，血象及骨髓异常。脑被累及时症状无特异性，脑脊髓正常。消化道淋巴瘤表现为腹胀、肿块、排便异常或出血。
多器官系统损害 神经系统损害。表现为急性HIV脑膜炎、亚急性脑炎、进行性多灶性脑血质病、脊髓炎及周围神经病变。亚急性脑炎的病变后果就是脑萎缩，引起进行性痴呆，记忆力减退，智力下降，生活不能自理或类似精神病症状，约30%有肌阵挛。
心血管损害。可发生心包炎、心肌病变、心内膜炎，可能与巨细胞病毒感染及各种条件性感染、营养障碍、药物毒性等有关。
HIV相关肾病。HIV可能引起局灶性阶段性肾小球硬化，巨细胞病毒感染可致全身免疫复合物肾炎，可致膜性肾炎，发现肾损害后常在16周内死亡。
皮肤黏膜病变。分为感染性和非感染性，感染性损害为口腔的毛壮白斑病，又称口腔扁平湿疣（oral cendylomaplanus,OCL)表现为舌的侧缘或舌背或颊黏膜出现白斑，表现为被有较厚的毛状粗糙突出，难剥落，表现特别，多见于同性恋或异性恋的男性。脂溢性皮炎可发生在艾滋病前驱期，皮损好发于双颊、颧部、头皮、耳后及胸部，在红斑基础上被有大片油污状鳞痂，比 正常人的脂溢性皮炎严重。有的颧部红斑似红斑狼疮，有的表现为大片角化性脱屑，似银屑病，可发展为红皮病。有的艾滋病病人可伴发皮肤干燥、鱼鳞病、嗜酸细胞性脓疱性毛囊炎、瘙痒性皮疹等。
视网膜炎。发生率可高达75%，是本病导致失明的主要原因。
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