1、最为根本的是遗传基因的影响。
2、无论哪种短小，都可以用育康维安疗法进行治疗，可以增加尺寸。
3、内体寒、怕冷、体内阳气严重不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分阴茎仍内缩于腹腔内。
4、后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，例如：长其从事微波、超声、高温、放射线等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒及长期食用粗制棉籽油等，均可以引起睾丸萎缩。
5、在母体怀孕期间因用药不当影响到雄性激素的分泌，产生先天不足，缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良。
6、青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
7、性生活过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小。
8、曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足。
9、一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
10、包皮过长，缺乏生长的必要空间，阻碍阴茎的发育生长。
正常男子的阴茎，除了在性刺激和某种外界刺激会勃起外，通常处于松弛状态。但是有时内脏器官的反射作用也会导致阴茎勃起。最明显的是早晨清醒前时常会出现阴茎勃起多，致使膀胱内压力增加而产生刺激作用，可以导致阴茎发生一种潜意识的反射性勃起，也就是常常说的让尿给“憋”硬了，这是一种正常的生理现象，医学上称之为清晨勃起。
但这种勃起现象的强度或大或小，从来达不到性交所特有的水平。
据美国一位学者的研究资料报道，男子在成年后，20～30岁时，清晨勃起次数增多，中年以后逐渐减少。一位德国医生也研究了这个生理现象，他发现男子在疾病期间，清晨阴茎勃起的现象会消失，当身体康复后，清晨阴茎勃起的现象又重新出现。于是他提出，清晨阴茎勃起现象可以作为观察男子精力和健康状况的参考指标之一。
但是，关于清晨阴茎勃起的确切机理，至今尚未研究清楚，无论如何，清晨阴茎勃起是男子的一种正常的生理反应，是肯定无疑的，而且每天男子的个体差异所产生的变化也不尽一致，千万不能只凭这一点来判断男子性功能的好坏。诚然，医生在鉴别诊断性功能变化时，需要依此作为参考，那完全是限定病态情况时，而对于一个正常男子则不应盲目地从此来识别好坏。有些男子，一旦早晨勃起现象暂停或松弛时，他们就怀疑自己患了阳痿症，于是忧心忡忡，越是担心自己有阳痿，晨勃起现象就越少，甚至软弱无力。这是一种可怕的恶性循环，因为心理上的不安，会导致生理上的不健全；而生理方面的毛病又诱发心理上的进一步不安，如此往复，越来越坏。此时要赶快求医诊治。
不仅是清晨会勃起，如果仔细观察，睡眠时也常有勃起的情形。
在睡眠的过程中，会有间歇性的眼球快速运动期，而阴茎勃起也常发生在这时间。一般统计上，每天晚上会有三次到五次的勃起，每次勃起的时间，平均十五分钟，但也有长达一小时之久的。只要神经、血管及阴茎海锦体结构与功能正常，就会有这种现象，而这也是性功能的重要指标；在这段期间，阴茎的勃起比较不受心理因素的干扰，也较能实实在在表现出原本的功能，这种生理的现象，对性功能的研究及治疗，提供了极重要的指标。对於阳萎的患者而言，如果清晨起床时仍有勃起的现象，那麽此种阳萎可能是心理因素引起的，诊断及治疗的方向就随着调整，可以省略一些复杂的检查。
这种阴茎勃起的现象，在性医学上的研究，诊断及治疗极为重要，在早期为了作这方面的研究，患者要躺在观查睡眠用的实验室里，脑部、眼碱及阴茎接上测试线路，如果要记录阴茎勃起的硬度，则还要有观察员彻夜监看着，一发现勃起，立刻测量硬度，这种方法很不方便，误差也很大。
经过不断的进步，目前对阴茎夜间勃起的检查有很大的突破，目前使用的仪器本体大约是手掌大，可固定在大腿上，另有两个皮环套在阴茎的头部及底部；如此安静的睡眠中就可记录一个晚上阴茎勃起的次数及每次勃起的时间与硬度。这种检查对於生理性及心理性阳萎的监别诊断非常重要，有些阳萎的患者做过这种检查，隔天经过电脑列印出结果，发现呈正常反应，阳萎问题就不药而愈了。
有些人会因各种因素，造成暂时性阳萎，这种问题如果发生在年龄稍长的患者，当事人常常会怀疑自己真是不行了，导致每次行房前，都会担心这次是行还是不行？结果是愈是担心，就愈起不来；心理会觉得自己真的不行了，也会引起许多恐惧，如果能经过这种检查获得肯定，那麽即可省略许多偏方的花费。
在完整的性功能里，勃起功能是占生理功能的一大部分，如果勃起有障碍，往后更不容易了。如果有这方面的疑惑，阴茎夜间勃起检查可提供许多的诊断的资料，对於往后治疗的方向，可提供重要的叁考。
正常男性在睡眠时阴茎都会有勃起的现象，大人和小孩都一样
导致阴茎弯曲有两种情况：一种前后方向弯曲；另一种在左右方向的弯曲。无论哪一种弯曲，因素不外乎3个方面：生理的、先天的、病理的。生理阴茎弯曲一般对性生活没有什么影响。因为阴茎勃起是靠海绵体充血来实现的，而阴茎海绵体并非一个，而是由3个圆形的长柱海绵体组成。这3个海绵体像海绵一样，内部有许多腔隙，与血管相通。阴茎上面的两条海绵体称阴茎海绵体，下面一条称尿道海绵体，尿道从中穿过。当海绵体内的腔隙充血时，阴茎即变粗变硬。如果3个海绵体充血后体积大小相等，即阴茎勃起是正常的；如果充血后3个海绵体大小不一样，阴茎就会向充血少的方向弯曲。事实上，多数男性的阴茎勃起时，都不同程度地有点弯曲。
但是个别男性阴茎弯曲是由先天性生殖器官异常导致的。如先天性尿道下裂会使阴茎向腹侧弯曲，甚至导致生殖器官发育不良，给性生活及生育带来障碍，先天性尿道上裂的患者较多，而上裂比下裂对阴茎的影响更为严重。尿道上裂的患者阴茎矮小，并且勃起时向背侧弯曲，因而会导致性交困难或无法性交。这时，应到医院泌尿外科就诊检查，做手术矫治。
病理性阴茎弯曲是指阴茎有过外伤或感染，在局部形成瘢痕；或由于包皮过长做过包皮环切手术时，将包皮切除过多而造成的阴茎弯曲。如患有纤维性海绵体炎时，阴茎背侧上有一个或数个纤维性硬结，可导致阴茎弯曲，甚至痛性勃起。对于包皮手术不当的患者可做手术矫正，纤维性海绵体引起阴茎弯曲的也可手术治疗
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