神经外科、神经内科、心胸外科、心血管内科、普外科、骨科、泌尿中心、妇产科是重点科室，在重症颅脑损伤救治、高压氧治疗脑卒中、心脏瓣膜置换、导管介入治疗、微创保胆取石、骨关节置换、器官移植、阴式系列手术、腔镜技术等方面的临床研究和应用水平处于北京市前列。医院拥有核磁共振成像系统（MRI）、CT、全自动检验设备、彩色超声诊断等大型先进检查设备；医疗服务、日常办公和内部管理已经全部实行网络化。 睡眠呼吸障碍诊疗室：与美国伟康公司合作，有多导睡眠呼吸监测仪1台，已对上百例鼾症或其他睡眠呼吸障碍患者进行诊断和指导治疗，可指导CPAP呼吸机阻鼾器治疗，耳鼻喉科手术前后的监测，每周一～周日晚10时至次日晨7时监测检查。
呼吸监护室拥有床位6张，具有先进的惠普监护系统，进口高级呼吸机6台，医护人员对抢救危重患者、呼吸衰竭、重症哮喘有丰富经验。
气管镜检查室：进口纤维支气管镜1台，开展病理活检，经支气管肺活检，支气管肺泡灌洗等。开展支气管镜检查治疗上百例。
收治主要病种 ：慢性阻塞性肺疾病（慢性支气管炎、肺气肿），肺源性心脏病、呼吸衰竭、支气管哮喘、肺炎、间质性肺疾病、肺部肿瘤的鉴别诊断、胸腔积液、睡眠呼吸障碍、肺少见疾病的鉴别诊断等，对弥漫性泛细支气管炎的诊断和治疗有较好的经验. 药剂科设置12个专业组，涵盖6个医院药学专业。分设：中、西药房15个，制剂室、药品检验室、临床药学室、临床药理实验室。
2007年预增设：Ⅰ期临床研究室、药物临床试验机构办公室、药物临床试验机构统计室、药物临床试验机构档案室、药物临床试验用药药房。
药剂科已经具备了医院药学中的常规药事管理、基本的医院药学科研和教学等的学科建制与工作基础。 是医院重点科室，已有40年历史，收治各类骨科病人上万名，手术过万例。
骨外科集体是一个医德高尚、服务周到、技术精湛和理论深厚的团队。它敢于向医学的新高度挑战，且充满活力。它以创伤、脊柱和关节手术治疗为特色。全科每年做大、中型手术500余例，开展了许多高难度、高风险的手术，治愈率、好转率均达到国内先进水平。在医疗实践中我们不断总结经验，紧跟世界先进医疗技术的发展步伐，不断开展新技术、新疗法、新手术，以满足患者日益提高的医疗要求；治疗效果好，获得了巨大的社会效益。科室承担着北大医学部本科生的临床骨科教学及多个医学院校的实习生临床实习任务，并为全国各地的培养了数十位专业技术人员。拥有高级职称专业技术人员4名、中级专业技术人员4名。硕士研究生导师1名，博士2名。在几代骨科专家的辛勤耕耘，努力开拓下；在航天中心医院飞速发展的今天，我们以服务患者为宗旨，创新和提高医疗质量为已任，稳步前行， 创造更加辉煌的明天。
骨科中心成立于2015年3月，中心的前身为脊柱骨科及关节创伤骨科，经过多年发展，现已成为一个基础坚实，设备先进，技术力量雄厚，在中航工业集团及社会上具有较大影响力的专业学科。中心由脊柱骨科，创伤骨科及关节骨科三个专业病区组成，运行床位90张，年均住院患者三千余人次，诊治门诊患者3万余人次，完成各类手术两千余台，是目前北京市北部地区较有影响力的骨科中心，手术成功率高，治疗效果好，受到患者欢迎。
中心拥有强大的专业人才队伍，其中主任医师3人、副主任医师8人、主治医师7人、医师5人。教授1名，博士后2名，博士1名。
骨科中心医疗环境整洁舒适，设有三人间、单人间，VIP病房，均配有彩电，每间均带有独立卫生间，设施齐全。配有先进的“G”臂X光机，手术显微镜，监护仪，骨科专用手术床，四肢CPM康复器等骨科专用设备及各种抢救设备。此外，医院拥有世界上目前最顶级的3.0T核磁共振1台，320排螺旋CT1台，大型DSA1台等设备为我中心提供强有力支持。
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