不属于特异转录因子的是

转录因子（Transcription factors）是一群能与基因特定序列专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。根据转录因子的作用特点可分为二类：第一类为普遍转录因子，第二类为组织细胞特异性转录因子。

footprintDB是一个转录因子综合数据库，收录了8754个去冗余的转录因子，整合了JASPAR在内的9个数据库的9350个转录因子、13682个DNA motifs和35058个DNA结合位点数据，存储了transcription factors, DNA motifs, DNA binding sites3种信息。通过这个数据库，我们能够预测结合特定DNA位点或基序的转录因子，以及可能被特定DNA结合蛋白识别的DNA基序或位点。

footprintDB

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php

接下来看看怎么利用footprintDB的Menu-Search模块找到特定DNA位点或基序的转录因，或者可能被特定DNA结合蛋白识别的DNA基序或位点吧。

Search模块分为两种形式，一种是Keywords，另一种是sequences 。

01 Search Keywords

Keywords模块提供关键词类型有转录因子、DNA结合基序、DNA结合位点，其中DNA binding motifs/sites碱基序列官方建议使用Sequence检索方式。除此外，提供物种、数据库、Pfam区域的选择。

本次以骨髓细胞瘤myeloblastosis oncogene等条件选择如下为例：

返回结果如下：

检索到关于myeloblastosis oncogene的2个Transcription factors条目，4个DNA binding motifs条目和0个DNA binding sites条目。

点击Transcription Factors查看，详细信息如下：、展现的是Accessions、Names、Organisms、Description and notes、Binding MotifsBinding Sites（结合基序结合位点）。

点击Transcription factors结果下Show results，以上这些表格都是可以下载的。DNABinding sites代表该转录因子实际的结合区域，DNA binding sites代表该转录因子实际的结合区域。转录因子的本质是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。它一般有不同的功能区域，如DNA结合结构域与效应结构域。

Accessions这一栏蓝色字体跳转对应的是转录因子的概况DNA Binding Motif，包含了motif的编号，转录因子名称、对应的物种，一致性序列，sequence logo, PSSM矩阵，binding sites 、功能描述、家族和序列等基本信息。

如果点击Binding Sites，会跳转进入DNA binding Sites，里面有关于转录因子的实际结合区域，提供物种、数据库、参考文献、碱基序列和转录因子等详细信息。

02 Search by Sequence

sequences 模块主要用于接收两种类型的查询：①DNA共有基序，PWM或位点。这部分通常返回的结果主要是：预计结合相似的DNA基序的TF列表-INPUT。②假定的TF蛋白的蛋白序列。返回的结果是可能识别的DNA基序列表。

数据库检索结果以邮件的形式发送，可以先命名检索结果，记得填入有效邮件地址就行。

示例使用我们选择检索框Demo，下拉菜单展示输入的内容可以是DNA binding motifs碱基序列FASTA格式和TANSFAC文件格式，以及蛋白序列FASTA格式。实际中别忘了选择物种、数据库以及DNA结合区域。点击Search等待结果：

返回结果提供与输入碱基序列相似的序列对应的转录因子信息，提供差异性指标和相似性评分。

footprinDB这种整合型的数据库，可以减少我们在多个数据库之间交叉检索的操作，更加简单，值得收藏。

Research:

Sebastian A, Contreras-Moreira B. footprintDB: a database of transcription factors with annotated cis elements and binding interfaces. Bioinformatics 30, 258–65 (2014).

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