杭州市儿童医院位于文晖路201号，是在原来杭州市第六人民医院的建筑基础上改扩建而成，是一家市属非营利性三级甲等儿童专科医院。市儿童医院筹备了一年，于2009年01月正式成立。
杭州市儿童医院的领头专家来自省儿保， 同时还会有国内知名的儿科专家加盟医院。如原浙江省儿童医院医生——汤文娟教授和洪校乐教授，都是小儿内科的老专家。汤文娟主任医师，擅长诊治儿科疑难杂症，尤其小儿消化、血液疾病。洪校乐主任医师，擅长中、西医诊治儿科疑难杂症。 其他医生主要是来自其他市级医院的儿科主任或副主任医师。 医院向上海复旦大学附属儿童医院、上海交大儿童医学中心、浙江省儿童医院等全国知名的儿童专科医院取经，为的是更好的为杭州老百姓服务 医院 除了充分利用原有六院资源外，还投入巨资购置设备，如B超、新生儿呼吸机、新生儿抢救台、新生儿暖箱、脑电图心电图仪器等。 医院开放市儿童医院整幢大楼，床位将达800张。
市儿童医院大楼分六层，目前开放一、二、四（儿感病房）、五、六三层。医院按三级甲等专科医院收费。专家门诊（挂号费加诊疗费）：正高职称9元、副高职称7元；普通门诊（挂号费加诊疗费）：3元。 六楼为病房，床位25张。每间病房配有独立卫生间、空调。每天的住院费：1人间150元；2人间75元；4人间30元；5—7人间20元。
新生儿病区成立于二十世纪60年代，是全市最早成立的一个新生儿病区，因此对新生儿疾病的诊治有丰富的临床经验。
整个病区分为重症监护抢救室、早产儿室、隔离室和普通室。新生儿科有一批高素质的医护人员，有全国负患者有盛名新生儿专家如杜洪蓉主任，还有许多新生儿专科的主任医师、付主任医师和主治医师，以及有丰富经验的主管护师和护师等。
在新生儿病区每天给予病儿无微不至的关怀，除了常规的医疗业务外，还每天给以沐浴，医务人员昼夜巡视和观察病情。
新生儿病区是一个独立的科室，由于新生儿的特点，病区执行严格的消毒隔离，配有专门的消毒隔离衣和进病区后换鞋等措施和制度。
新生儿病区主要收治有外院转来的一些患儿如新生儿围产期窒息，缺氧缺血性脑病，新生儿颅内出血等,还收治一些少见的代谢性疾病，对早期先天性畸形，特别是消化道畸形的诊断有丰富的临床经验。同时还收治一些常见疾病如新生儿黄疸，高胆红素血症，新生儿肺炎、新生儿腹泻病等。
除了常见的疾病有丰富的诊治经验外，对早产儿的诊治亦有丰富的临床经验。新生儿、特别是早产儿的病死率逐年下降。
二十一世纪来临，提出“母亲健康、儿童优先”，儿童是祖国的未来，而新生婴儿是儿童中呵护的重点，为了婴儿的健康，要立足于爱护婴幼儿，保护婴幼儿，使新生婴儿健康成长。该科室的宗旨是：急病人所急，忧病人所忧。尽力为血液病患儿创造一个灿烂的明天。目前拥有床位18张，并设有层流病室。
主要收治儿童急性白血病、儿童肿瘤、各种原因引起的贫血和溶血、血小板性疾病以及出血性疾病等。平均每年收治来自全国各地血液病患儿数百例。在治疗急性淋巴细胞白血病的完全缓解率达95%以上，治愈率70%，并成功地进行了自体外周造血干细胞的移植。该科与杭州市血液研究所等多中心协作，使儿童白血病诊断和治疗走向分子水平。
学科带头人蒋慧教授、主任医师，现任中华医学会杭州分会儿科学组委员兼秘书杭州儿科血液学组委员兼秘书。近几年来，科室共发表儿童急性白血病生存质量分析等专业论著和论文共18篇。曾荣获卫生部科学进步三等奖和杭州市科学进步二等奖；卫生局“文明班组”光荣称号。小儿肾内科于20世纪60年代由何威逊教授创建。经过数十年发展，目前拥有多名国内外知名专家和教授，有肾穿刺室、腹膜透析室和肾脏病实验室。
肾内科于80年代初率先在国内开展小儿肾穿刺活检术。至今已成功进行了2500余例，非麻醉下婴儿肾穿刺处于国内领先。血液透析、腹膜透析和血液滤过技术处于国内先进。肾内科至今发表论文100余篇，多次获得优秀论文奖。何威逊教授曾获卫生部科技进步三等奖。
肾内科擅长各种肾小球疾病、肾小管疾病、急慢性肾功能衰竭的诊断和治疗。杭州儿童医院呼吸科是杭州市儿科成立较早，拥有固定呼吸科病区，比较完善的小儿呼吸内科，病区住院床位40张。设专家门诊，哮喘门诊。配备有肺功能室，纤维支气管镜室，血气分析，呼吸血氧检测以及高分辨螺旋CT。近年来开展多种呼吸道病原检测，过敏原检测和纤维支气管镜检查，对于儿童呼吸道疑难病例的诊断和治疗水平有了进一步提高。具有很强临床的综合实力，有一支比较完整的老中青结合的医疗队伍，每年接受来自全国各地的大量疑难重症呼吸病患者，并接受杭州及周边地区医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。
在学科负责人全国知名的儿科呼吸病专家陆权教授指导下，开展多种临床实践和研究，在儿童呼吸道疾病的预防和治疗方面积累了大量经验，在儿童呼吸道病原菌检测，细菌耐药性的检测等方面处于国内领先水平。该科历来是该院的教学病房，目前仍是复旦大学华山临床医学院、杭州第二医科大学新华临床医学院的教学基地，2003年又成为交通大学医学院教学基地。
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