医院最高等级是三级甲等，有福建省福州肺科医院、福州市第四医院、福建省妇幼保健院、福建省立医院、福建省肿瘤医院等。
1、福建省福州肺科医院
福建省福州肺科医院又名福建省福州结核病防治院，是福建省唯一的一所三级甲等肺专科医院，现为福建医科大学教学医院，福建省结核病临床培训基地，医院技术力量雄厚，医疗设备齐全，是全省肺部疾病及结核病诊疗、科研与教学中心。
2、福州市第四医院
福建省福州神经精神病防治院(福州市第四医院)创建于1953年，原址在福州温泉路，现址在福州市南二环路451号，是一所三级甲等专科医院。
3、福建省妇幼保健院
福建省妇幼保健院（福建省妇儿医院）位于道山路18号，始建于民国24年，为三级甲等。
临床部下设妇科、产科、儿科、新生儿科、外科等临床科室，检验科、影像科、超声科等医技科室。
4、福建省立医院
福建省立医院是综合性一家非营利性的三级甲等医院，创建于1937年。
2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。
5、福建省肿瘤医院
福建省肿瘤医院位于福州市晋安区福马路凤坂。为三级甲等。
2018年12月4日，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。
参考资料来源：百度百科——福建省福州肺科医院
参考资料来源：百度百科——福州市第四医院
参考资料来源：百度百科——福建省妇幼保健院
参考资料来源：百度百科——福建省立医院
参考资料来源：百度百科——福建省肿瘤医院
福建省立医院 (三甲, 特色:综合 心外科 心内科 消化内科)福建协和医院 (三甲, 特色:综合 血液病 内分泌 外科)
福州军区总院 (三甲, 特色:综合 器官移植)
福建医科大学附属第一医院 (三甲, 特色:综合 神经内科 耳鼻喉科)
福州市第二医院 (三甲,特色:中西医结合骨科 中西医结合肿瘤科)
福建中医学院附属人民医院 (三甲, 特色:中医 眼科 肛肠科 肾内科)
福建省妇幼保健院 (三甲, 特色:妇幼)
福建省肿瘤医院 (三甲, 特色:肿瘤)
福州肺科医院 (三甲, 特色:呼吸)
福州第四医院 (三甲, 特色:精神)
福州儿童医院 (三甲, 特色:儿童)
福州传染病医院 (三甲, 特色:传染)
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