昆明制药集团，前身是昆明制药厂，现在是一家庞大的国有控股企业，现在下辖的昆明制药，贝克诺顿制药，昆明中药厂也都是著名的制药公司。其中昆明贝克诺顿只要是昆明制药与美国ivax合资组建的制药企业。也是云南首家中美合资制药企业。
云南医药工业股份有限公司也是国有控股，旗下有两家全资子公司：云南植物药业股份有限公司和昆明振华制药有限公司；及一家参股公司：昆明积大制药有限公司。这三家都是云南著名的制药企业，其中昆明积大制药有限公司是香港积华药业与云南医药工业股份有限公司合资组建的。
昆明赛诺制药也是国有企业改制，同样是很著名的制药企业。
昆明滇虹药业，中美合资制药企业的典范。
云南绿A生物制药有限公司，算民营的典范吧，这些都是比较大比较著名的。其他的还有盘龙云海，龙润，昊邦等等太多了，说都说不过来的
云南省昆明制药集团股份有限公司(GMP)•
云南制药(集团)股份有限公司(原昆明制药厂)(GMP)
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云南白药集团股份有限公司(原云南白药实业股份有限公司)(GMP)
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云南昆明大观制药厂(GMP)
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云南医药工业股份有限公司昆明振华制药厂(GMP)
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云南佑生药业有限责任公司(GMP)
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云南普济堂药业有限公司(GMP)
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云南福星药业有限公司
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云南英茂生物制药有限公司(原星辰药业有限公司)
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云南绿色高原制药有限公司
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中国医学科学院医学生物学研究所(GMP)
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云南省昆明康奇制药厂(GMP)
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云南藤云药业有限公司(GMP)
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云南天元制药有限公司
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云南盘龙云海药业集团发隆药业有限公司(GMP)
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云南师范大学化工厂
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云南名扬药业有限公司(GMP)
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云南优克制药有限公司(GMP)
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云南杉榆制药有限公司(GMP)
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云南南药制药有限公司(原升华南药有限责任公司)(GMP)
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云南铭鼎药业有限公司(原云南人和药业有限责任公司)(GMP)
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云南省昆明中元堂民族制药有限公司(GMP)
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云南本善制药有限公司(原昆明大博制药厂)
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云南昆明龙恩制药有限公司(GMP)
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云南太一生物医药有限公司
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三九集团昆明白马制药有限公司(GMP)
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云南云健制药有限公司(昆明保健制药厂)(GMP)
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云南保元堂药业有限责任公司(GMP)
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云南力利制药有限公司
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